Question

我正在尝试制作一些用于遗传分析的.bed文件。我是一个蟒蛇初学者。我想要制作的文件应该是3列，制表符分隔，第一列总是相同（染色体编号），第2和第3列窗口大小为200，从零开始，到染色体末尾结束。例如：

chr20 0 200
chr20 200 400
chr20 400 600
chr20 600 800
...

我有染色体的大小所以此刻我正试图说'第2栏＆lt; （铬的大小）打印线。我有一个脚本的骨架，但由于我缺乏经验，它不太合适。以下是我到目前为止的情况：

output = open('/homw/genotyping/wholegenome/Chr20.bed', 'rw') 

column2 = 0
column1 = 0
while column2 < 55268282:
    for line in output:
        column1 = column1 + 0
        column2 = column2 + 100

        print output >> "chr20" + '\t' + str(column1) + '\t' + str(column2)

如果任何人都可以修复这个简单的脚本，以便它像我所描述的那样，或者写一个更好的解决方案，真的很感激。我考虑制作一个脚本，可以输出20条染色体和chrX的所有文件但是因为我需要指定染色体的大小，我想我必须分别做每个文件。

提前致谢！

Answer 1

这个怎么样：

step = 200 # change values by this amount
with open('Chr20.bed', 'w') as outfp:
   for val in range(0, 1000, step):  #increment by step, max value 1000
      outfp.write('{0}\t{1:d}\t{2:d}\n'.format('chr20', val, val+step))

根据请求提供制表符分隔的输出

chr20   0   200
chr20   200 400
chr20   400 600
chr20   600 800
chr20   800 1000

注意：使用with会在您完成后自动关闭该文件，或者遇到异常。

如果您感到好奇，这会提供有关.format()功能的更多信息。

Answer 2

我建议您使用numpy.savetxt函数将数据保存到文本文件中：

windows = range(0, 55268282, 200)
numpy.savetxt('Chr20.bed', numpy.transpose((windows[:-1], windows[1:])), fmt=('chr20\t%d\t%d'))

Python脚本使用染色体信息制作基本文件

2 个答案: