通过匹配列表来过滤R中的矩阵

Question

我有矩阵：

traits <- matrix(c(1,0,1, 1,0,0, 0,0,0), nrow = 3, ncol=3, byrow=TRUE,
           dimnames = list(c("sp1", "sp2", "sp3"),c("Tr1", "Tr2", "Tr3")))

和一个清单

species <-c("sp1", "sp2")

如何过滤'traits'矩阵，使其仅返回匹配，即

traits.filtered<-matrix(c(1,0, 1,1, 0,0), nrow = 2, ncol=3, byrow=TRUE,
           dimnames = list(c("sp1", "sp2"),c("Tr1", "Tr2", "Tr3")))

谢谢你， -Elizabeth

Answer 1

traits[row.names(traits)%in%species,]

Answer 2

您可以使用species子集函数直接使用[中存储的rownames进行索引：

> traits[species, ]
    Tr1 Tr2 Tr3
sp1   1   0   1
sp2   1   0   0

在这种情况下，您通过字符向量而不是数字索引向量或逻辑向量进行索引。有关详情，请参阅?"["。

Answer 3

一种显而易见的方法是使用traits对species矩阵进行子集，如下所示：

traits[species, ]

但是，这只能假设行名称是唯一的 - 如果它们不是，则只返回第一个匹配。

出于这个原因，我强烈建议使用更强大的：

traits[rownames(traits) %in% species, ]