numpy beginner:使用numpy.savetxt编写数组

时间:2012-06-06 18:52:32

标签: python numpy histogram tsv

我有一个numpy直方图,我想输出为制表符分隔的文本文件。我的代码如下:

targethist = np.histogram(targetlist, bins=ilist)
print targethist
np.savetxt('ChrI_dens.txt',targethist,delimiter='\t')

targetlist和ilist是长整数列表。我得到以下输出:

  

(array([0,0,0,...,0,0,0]),array([1,10000,20000,   ...,15060000,15070000,15072422]))回溯(最近的一次通话   last):文件“target_dens_np.py”,第62行,in       np.savetxt('ChrI_dens.txt',targethist,delimiter ='\ t')文件“/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/npyio。 PY”,   第979行,在savetxt中       fh.write(asbytes(格式为%tuple(row)+换行符))TypeError:需要浮点参数,而不是numpy.ndarray

似乎已经创建了直方图数组,但是我在np.savetxt()行中做错了。我已经阅读了文档,但是不明白为什么这个函数中的任何参数都期望浮点数。我哪里出错?

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

我认为问题是savetxt的第二个参数必须是“类似数组”。您的输入不是“类似阵列”。 e.g。

print (len(targethist[0]))
print (len(targethist[1]))

注意长度不一样?如果长度相同,numpy可以将它转换为单个2-D数组,一切都会好,但它不能进行转换,所以它失败了。

这有效

np.savetxt('stuff.dat',(targethist[0],targethist[1][1:]),delimiter='\t')

但是我已经截断了你的数据;)。你需要决定你想做些什么才能解决这个问题。

我必须承认,这里的错误信息非常神秘。