在Mathematica中的其他列表上生成包含基于元素的条件的列表

时间:2012-05-30 13:14:37

标签: performance wolfram-mathematica

我想计算一个2D数组“tocalc”,其中元素的计算基于对其他三个列表(z,b1,b2)的测试。

(*example data*)
z = Range[0, 100, 10];
x = Range[10];
b1 = ConstantArray[0., Length[x]];
tocalc = ConstantArray[0, {Length[x], Length[z]}];
b2 = {0, 20, 30, 40, 50, 40, 30, 20, 10, 0};

对此的一个解决方案是

(*simple but slow solution*)
Do[
 Do[
   If[z[[k]] <= b2[[i]] && z[[k]] >= b1[[i]], 
    tocalc[[i, k]] = (b2[[i + 1]] - b2[[i - 1]])],
   {k, 1, Length[z]}];,
 {i, 2, Length[x] - 1}]

结果

{{0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {30, 30, 30, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
  0}, {20, 20, 20, 20, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {20, 20, 20, 20, 20, 0, 
  0, 0, 0, 0, 0}, {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
  0}, {-20, -20, -20, -20, -20, 0, 0, 0, 0, 0, 
  0}, {-20, -20, -20, -20, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {-20, -20, -20, 0, 0,
   0, 0, 0, 0, 0, 0}, {-20, -20, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {0, 0, 0,
   0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}}

问题:如何在Mathematica中有效地完成这项工作?

如果评估10000次,则需要3.66秒。在Matlab中,这需要0.04秒,因此Matlab几乎要快100倍。 我知道使用两个Do循环的解决方案对于Mathematica来说并不完美,所以我尝试了其他几个解决方案,例如MapIndexed,Table,functions,Conditionals等。但是两个Do循环的速度都不是很快甚至更慢。 以下是MapIndexed的一个示例:

tocalc = ConstantArray[0, {Length[x], Length[z]}];
MapIndexed[
  If[z[[Part[#2, 2]]] <= b2[[Part[#2, 1]]] && 
     z[[Part[#2, 2]]] >= b1[[Part[#2, 1]]] && Part[#2, 1] >= 2 && 
     Part[#2, 1] <= Length[x] - 1, 
    tocalc[[Part[#2, 1], Part[#2, 2]]] = (b2[[Part[#2, 1] + 1]] - 
       b2[[Part[#2, 1] - 1]]), 0.] &, tocalc, {2}];

理想的解决方案应该适用于更大的矩阵和实数以及更复杂的条件。

---编辑:

因为它看起来有些解决方案在我的实际问题中更慢,所以这里有一个例子:

真实世界的问题

b2 = {0.`, 0.`, 0.`, 990.3440201085594`, 1525.7589030785484`, 
   1897.6531659202747`, 2191.6073263357594`, 2433.0441988616717`, 
   2630.6658409463894`, 2799.347578394955`, 2944.656306810331`, 
   3070.718467691769`, 3179.485627984329`, 3272.3788096129415`, 
   3346.199103579602`, 3405.384848015466`, 3346.199103579602`, 
   3272.3788096129415`, 3179.485627984329`, 3070.718467691769`, 
   2944.656306810331`, 2799.347578394955`, 2630.6658409463894`, 
   2433.0441988616717`, 2191.6073263357594`, 1897.6531659202747`, 
   1525.7589030785484`, 990.3440201085594`, 0.`, 0.`, 0.`};
z = {0.`, 250.`, 500.`, 750.`, 1000.`, 1250.`, 1500.`, 1750.`, 2000.`,
   2250.`, 2500.`, 2750.`, 3000.`, 3250.`, 
  3500.`}; (*z(k)*)
imax = 31; (*number of x(i)*)
b1 = ConstantArray[0., imax]; (*lower boundary, can be different form 0*)
deltax = 50000.`;
mmax = 10000.; (*number of calculations*)
A00 = 1.127190283243198`*^-12; (*somefactor*)
n = 3;

一个解决方案:

f2C = Compile[{{b2, _Real, 1}, {z, _Real, 1}, {b1, _Real, 1}},
   With[{zeros = {ConstantArray[0., Length[z]]}},
    Join[zeros, 
     Table[If[
       b1[[i]] <= z[[k]] <= 
        b2[[i]], -(A00*(Abs[(b2[[i + 1]] - b2[[i - 1]])/(2.0*
                 deltax)])^(n - 
              1.0)*(b2[[i]]^(n + 1.) - (b2[[i]] - z[[k]])^(n + 
                1.)))*((b2[[i + 1]] - b2[[i - 1]])/(2.0*deltax))
       , 0.],
      {i, 2, Length[b2] - 1}, {k, Length[z]}
      ], zeros]]
   , CompilationTarget -> "C"];

结果

Timing[Do[f2C[b2, z, b1];, {mmax}]]
Out[85]= {81.3544, Null}

谢谢!

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

您可以执行以下操作。您需要弄清楚如何处理边界(其中未定义b2 [[i + 1]]或b2 [[i-1]])。

f[x_, y_] := If[x[[1]] <= y <= x[[2]], x[[4]] - x[[3]], 0]

这里我限制了Outer所处的级别,这样我就不需要改变头部了(正如我在原始响应中所做的那样)。

In[1309]:= Outer[f, 
 Transpose[{b1, b2, RotateRight[b2], RotateLeft[b2]}], z, 1]

Out[1309]= {{20, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {30, 30, 30, 0, 0, 0, 
  0, 0, 0, 0, 0}, {20, 20, 20, 20, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {20, 20, 20, 
  20, 20, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
  0}, {-20, -20, -20, -20, -20, 0, 0, 0, 0, 0, 
  0}, {-20, -20, -20, -20, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {-20, -20, -20, 0, 0,
   0, 0, 0, 0, 0, 0}, {-20, -20, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {-10, 0, 
  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}}

速度检查:

In[1298]:= Timing[
 Do[Outer[f, 
   Apply[list, 
    Transpose[{b1, b2, RotateRight[b2], RotateLeft[b2]}], {1}], 
   z], {10^4}]]

Out[1298]= {2.68, Null}

我们可以编译该函数以获得更好的速度。

fC = Compile[{{x, _Integer, 1}, {y, _Integer}}, 
   If[x[[1]] <= y <= x[[2]], x[[4]] - x[[3]], 0]];

In[1306]:= Timing[
 Do[Outer[fC, Transpose[{b1, b2, RotateRight[b2], RotateLeft[b2]}], z,
    1], {10^4}]]

Out[1306]= {0.8, Null}

---编辑---

变体包括编译整个例程。这是一个这样的。

ff = Compile[{{b1, _Integer, 1}, {b2, _Integer, 1}, {z, _Integer, 
     1}},
   With[{lc = 
      RotateRight[ListConvolve[{1, 0, -1}, b2, {-1, -1}, 0]]},
    Table[
     If[b1[[i]] <= z[[k]] <= b2[[i]], lc[[i]], 0], {i, 
      Length[b2]}, {k, Length[z]}
     ]]];
In[385]:= Timing[Do[ff[b1, b2, z], {10^4}]]

Out[385]= {0.24, Null}

如果我添加CompilationTarget -> "C",那么它会快两倍。

另一种变体,在C代码中,不到0.1秒。

In[441]:= 
ff2C = Compile[{{b1, _Integer, 1}, {b2, _Integer, 1}, {z, _Integer, 
     1}},
   With[{zeros = {ConstantArray[0, Length[z]]}},
    Join[zeros, Table[
      If[b1[[i]] <= z[[k]] <= b2[[i]], b2[[i + 1]] - b2[[i - 1]], 
       0], {i, 2, Length[b2] - 1}, {k, Length[z]}
      ], zeros]], CompilationTarget -> "C"];

In[442]:= Timing[Do[ff2C[b1, b2, z], {10^4}]]

Out[442]= {0.04, Null}

In[443]:= ff2C[b1, b2, z]

Out[443]= {{0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {30, 30, 30, 0, 0, 0, 0,
   0, 0, 0, 0}, {20, 20, 20, 20, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {20, 20, 20, 
  20, 20, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
  0}, {-20, -20, -20, -20, -20, 0, 0, 0, 0, 0, 
  0}, {-20, -20, -20, -20, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {-20, -20, -20, 0, 0,
   0, 0, 0, 0, 0, 0}, {-20, -20, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, {0, 0, 0,
   0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}}

我猜有些变种可能会更快。

---结束编辑---

---编辑2 ---

当然,如果您有全局变量(即在Compile之外定义),那么还有一些工作要做。我知道两种可能性。在版本8之前,可以使用Compile周围的With []来填充常量,如下所示。

f2C = [[n = n,deltax = deltax,A00 = A00},    编译[{{b2,_Real,1},{z,_Real,1},{b1,_Real,1}},     使用[{zeros = {ConstantArray [0。,Length [z]]}},      加入[零,       表[如果[         b1 [[i]]&lt; = z [[k]]&lt; =          b2 [[i]], - (A00 *(Abs [(b2 [[i + 1]] - b2 [[i - 1]])/(2.0 *                   deltax)])^(n -                1.0)(b2 [[i]] ^(n + 1) - (b2 [[i]] - z [[k]])^(n +                  1。)))((b2 [[i + 1]] - b2 [[i - 1]])/(2.0 * deltax)),         0.],{i,2,长度[b2] - 1},{k,长度[z]}],零]],     CompilationTarget - &gt; “C”]];

在版本8中,以下效果相同。

f2Cb =编译[{{b2,_Real,1},{z,_Real,1},{b1,_Real,1}},    使用[{zeros = {ConstantArray [0。,Length [z]]}},     加入[零,      表[如果[        b1 [[i]]&lt; = z [[k]]&lt; =         b2 [[i]], - (A00 *(Abs [(b2 [[i + 1]] - b2 [[i - 1]])/(2.0 *                  deltax)])^(n -               1.0)(b2 [[i]] ^(n + 1) - (b2 [[i]] - z [[k]])^(n +                 1。)))((b2 [[i + 1]] - b2 [[i - 1]])/(2.0 * deltax)),        0.],{i,2,长度[b2] - 1},{k,长度[z]}],零]],    CompilationTarget - &gt; “C”,    CompilationOptions - &gt; {“InlineExternalDefinitions” - &gt;真}];

要么我在大约0.7秒内得到一个更现实的例子的结果,而我的机器将花费超过100秒而没有在编译内定义那些全局变量。

更通用的方法可能是将它们作为参数传递(如果它们可能更改而不是常量)。这会导致运行时间略微变慢。

关于该选项方法,您可以查看Cocumentation Center中的ref / CompilationOptions

---结束编辑2 ---