啰嗦背景
我正在研究一些用于心脏电生理学模拟的代码。由于用户可以使用内置脚本语言指定自己的模拟，因此我无法知道如何管理通信与计算之间的权衡。为了解决这个问题，我正在制作一种运行时分析器，它将决定如何在运行模拟以及必须使用的硬件环境时处理域分解。
我的问题是：
如何在幕后实施MPI I / O？每个进程是否实际写入某个其他节点上的单个文件，或者每个进程是否写入某个稀疏文件，当文件关闭时，这些稀疏文件将被拼接在一起？
了解这一点将有助于我决定是将I / O操作视为通信还是计算，并相应地调整余额......
提前感谢您提供的任何见解。
罗斯
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I / O的机制取决于实现。此外，没有一种I / O风格。某些I / O由远程队列缓存，并在运行结束时由mpirun进程收集。某些I / O根据需要写入本地临时空间。某些I / O被写入NAS / SAN样式的高性能共享文件系统。
某些MPI使用第三方库来支持并行文件系统的I / O，这些细节可能是专有的。有些文件系统是本地光盘，有些则是光纤上的SAN或InfinBand。
您打算如何实际测量I / O所花费的时间？您是否计划使用pMPI接口拦截所有对库的调用？