Question

拥有mac OS 10.6并将python verion 2.7 32 bit安装为以及numpy和scipy。也有xcode版本3.2，我真的很困惑在这一点上做什么。我下载了 biopython版本1.59并尝试在python中运行安装程序代码，但它不会工作。我错过了什么？

当我尝试在空闲状态下运行安装文件时，我收到以下错误消息：

Traceback (most recent call last):
File "/Users/Cliff/Downloads/biopython-1.58/setup.py", line 379, in <module>
'Bio.PopGen': ['SimCoal/data/*.par'],
File   "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/core.py", line    140, in setup
raise SystemExit, gen_usage(dist.script_name) + "\nerror: %s" % msg
SystemExit: usage: setup.py [global_opts] cmd1 [cmd1_opts] [cmd2 [cmd2_opts] ...]
or: setup.py --help [cmd1 cmd2 ...]
or: setup.py --help-commands
or: setup.py cmd --help

error: no commands supplied

Answer 1

您需要从Terminal.app运行python setup.py install。你应该使用bash，tcsh等shell，而不是Python shell。

Answer 2

错误显示您未向安装脚本提供命令。通常的命令是'install'，所以试试：

python setup.py install

无论如何，如错误所示，您可以使用：

python setup.py --help

Answer 3

就像一个可能更容易的选择： Biopython也可以通过pip获得：

pip install biopython

或者（甚至更好）通过bioconda（尝试一下，它很棒）：

conda install biopython

为此，只需安装来自here的miniconda（非常简单且不需要管理员权限）。然后根据these simple instructions添加bioconda频道。

Straighly在biopython教程

中缺少这两个简单的选项

需要帮助安装Biopython

3 个答案: