Question

我正在使用Biobase的一个软件包：arrayQualityMetrics来创建用于可视化微阵列数据的图。

我的数据存储在ExpressionSet中。 phenoData（ExpressionSet）的列名之一具有名称“Tissue”，但是当我运行以下命令时：

arrayQualityMetrics(ExpressionSet,intgroup = "Tissue")

它给我一个错误说：

Error in prepdata(expressionset, intgroup = intgroup, do.logtransform = do.logtransform) : 
  all elements of 'intgroup' should match column names of 'pData(expressionset)'.

虽然我的ExpressionSet在其phenoData中包含一个名为“Tissue”的列名，但我不明白为什么我会收到此错误。

Answer 1

自从您提出这个问题以来已经有一段时间了，但这可能是由于arrayQualityMetrics（）必须将pData（）槽中的数据框减少到有限数量的字段，以便在元数据表的开头显示报告。

尝试类似：

tmp <- pData(ExpressionSet)
pData(ExpressionSet) <- tmp[,c("Tissue", "SomeOtherInterestingField")] # swap out
arrayQualityMetrics(ExpressionSet,intgroup="Tissue")
pData(ExpressionSet) <- tmp # replace with your original full pData() data frame

Biobase的arrayQualityMetrics包的group参数中的colnames

1 个答案: