Question

摘要：我有一个包含NA值的栅格数据集，并且想要计算它的变异函数，而忽略了NA。我怎么能这样做？

我有一个图像，我使用readGDAL函数加载到R中，存储为im。为了使其可重现，https://gist.github.com/2780792上可以获得图像dput的结果。我试图显示这些数据的变异图并且正在努力。我将介绍到目前为止我尝试过的内容：

我尝试了gstat包，但似乎无法获得可行的函数调用。我收集到的基本上我需要的是数据值本身（im@data$band1）和坐标（coordinates(im)）。我尝试了各种命令：

> variogram(locations=coordinates(im), y = im@data$band1)
Error in is.list(object) : 'object' is missing

和

> variogram(coordinates(im), im@data$band1)
Error in variogram.default(coordinates(im), im@data$band1) : 
  argument object and locations should be lists

我在这里做错了什么？

由于这似乎不起作用，我尝试了geoR包，我打电话使用：

> variog(coords=coordinates(im), data=im@data$band1)
variog: computing omnidirectional variogram
Error in FUN(X[[1L]], ...) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 4)

该错误看起来与其中包含NA的数据有关，因此我尝试使用na.omit删除它们，但这会留下所有的NA。这有点意义，因为光栅文件必须在每个网格方块中都有一些东西。有没有办法以某种方式删除NAs，或者至少让variog命令忽略它们？

非常感谢任何帮助。

Answer 1

如果传递给gstat:variogram的数据对象是空间对象（您的数据是SpatialGridDataFrame），那么您不需要指定位置，因为这些位置包含在数据中。

但是，显然NA值导致了问题，因此如果我们强制网格对象为SpatialPointsDataFrame，则会删除NA值

im包含数据https://gist.github.com/2780792

library(gstat)
point_data <- as(im, 'SpatialPointsDataFrame')
gstat_variogram <- variogram(band1 ~ 1, data = point_data)

使用geoR

library(geoR)
geor_variogram <- variog(coords = coordinates(point_data), 
                          data = point_data@data$band1)

或更简单（因为geoR适用于类geodata的对象，并包含要从as.geodata转换为SpatialPointsDataFrame对象的函数geodata / p>

geor_variogram <- variog(as.geodata(point_data))

用R中的NA计算栅格数据的变异函数

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