将点添加到ordiplot3d（）

Question

我正在使用vegan{}创建一个PCA，我还希望用因子标记我的点数（而不是它们唯一的行标识，这是biplot.rda()的默认值）。对于我的2D PCA，我使用了Gavin Simpson建议的here方法。我想问明智的R社区是否有这种方法的3D版本来创建自定义标记的PCA。 这是适用于2D PCA的方法：

#Relabel a la Gavin Simpson:
site.scr<-scores(dat.pca,display="sites",scaling=2,choices=c(1,2,3))
spp.scr<-scores(dat.pca,display="species",scaling=2,choices=c(1,2,3))

## generate x,y lims
xlims <- range(site.scr[,1], spp.scr[,1])
ylims <- range(site.scr[,2], spp.scr[,2])

## plot what you want, but leave out sites
biplot(dat.pca, display = "species", xlim = xlims, ylim = ylims)
points(site.scr[39:65,2:3],col="green",pch=1)   #These sites are in green
points(site.scr[1:38,2:3],col="brown",pch=3)        #These sites are in brown

我在我的一台计算机上使用ordirgl()完成了这项工作，但有一些R版本/操作系统组合与rgl不兼容（对于很多人来说这似乎是一个问题），所以我希望能够在rgl()和ordiplot3d()

中制作情节

ordiplot3d(dat.pca, display = "species", scaling = 3)

这绘制了3D空间的点，而不是biplot.rda的向量（第一个问题 - 当我使用rgl时我也有这个问题 - 我认为这些点是在正常情况下绘制的向量的末端{ {1}} PCA）。这对我来说并不是一个问题，但如果有人知道如何在ordirgl中绘制这些向量并标记它们，我想知道。 更大的问题是，我很难在ordiplot3d上添加积分。理想情况下，这将是biplot.rda()。我已经在几个不同的问题主题中看到了这一点，但是拥有一个不需要rgl的优雅解决方案会很不错。

Answer 1

我写了一个名为pca3d（http://cran.r-project.org/web/packages/pca3d/index.html）的小包，它也可以创建3D双点。我独立地缩放样本和变量，因此可变负载是可直接比较的。但是，它是测试版，所以要小心。

Answer 2

首先警告;目前，用于绘制3d biplots的基础代码（包 scatterplot3d ）不允许我们将所有轴缩放相同。因此，双标图不正确，因为第三维不能以与其他两个相同的单位进行缩放。 Jari已经为 scatterplot3d 包的维护者提供了一个补丁，允许对其进行控制，但我们正在等待它被接受等。

您缺少的是ordiplot3d()（因为它使用scatterplot3d()）会返回一个对象，该对象包含允许您将点等添加到现有三维散点图的函数。

这是一个例子

## continue example from ?biplot.rda
require(vegan)
## produces 'mod' 
example(biplot.rda)
## why do we need this?
par(ask = FALSE)

## grab the scores on axes you require; mod == your fitted rda/pca 
site.scr <- scores(mod, display = "sites", scaling = 3, choices = 1:3) 
spp.scr <- scores(mod, display = "species", scaling = 3, choices = 1:3)

## do the 3d plot but suppress plotting of the species,
## though plot is scaled to accommodate them
ordi <- ordiplot3d(mod, display = "species", scaling = 3, type = "n")

现在看一下对象ordi它是一个复杂的对象返回允许你向当前情节添加点的函数：

> str(ordi, max = 1)
List of 7
 $ xyz.convert   :function (x, y = NULL, z = NULL)  
 $ points3d      :function (x, y = NULL, z = NULL, type = "p", ...)  
 $ plane3d       :function (Intercept, x.coef = NULL, y.coef = NULL, lty = "dashed", lty.box = NULL, 
    ...)  
 $ box3d         :function (...)  
 $ origin        : num [1, 1:2] 1.67 1.33
 $ envfit.convert:function (object)  
 $ points        : num [1:30, 1:2] -0.146 2.776 1.291 3.102 2.816 ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
 - attr(*, "class")= chr [1:2] "ordiplot3d" "ordiplot"

现在通过举例说明，使用返回的points3d()绘制前10个具有颜色和圆形的物种，第10个具有不同颜色和绘图字符等：

cols <- bgs <- c("red","green","blue")
pchs <- 21:23
ordi$points3d(spp.scr[1:10,1], spp.scr[1:10,2], spp.scr[1:10,3],
              col = cols[1], bg = bgs[1], pch = pchs[1])
ordi$points3d(spp.scr[11:20,1], spp.scr[11:20,2], spp.scr[11:20,3],
              col = cols[2], bg = bgs[2], pch = pchs[1])
ordi$points3d(spp.scr[21:30,1], spp.scr[21:30,2], spp.scr[21:30,3],
              col = cols[3], bg = bgs[3], pch = pchs[3])

产生：

虽然请注意这不是一个真正的双标图，因为第3轴（z）上的缩放是错误的，直到scatterplot3d()添加了相等缩放的能力。