Question

我正在逐行读取文件，然后将特定行添加到数据框中。以下是我将添加到数据框的一行示例：

ATOM 230 CA GLU A 31 66.218 118.140 2.411 1.00 31.82 C

我已经确认我的检查没问题，我认为它与我的rbind命令有关。谢谢你的帮助！

编辑：错误如下，数据帧的输出为：

Residue AtomCount SideChain XCoord  YCoord ZCoord
2       MET         1         A 62.935  97.579 30.223
21     <NA>         2         A 63.155  95.525 27.079
3      <NA>         3         A 65.289  96.895 24.308

好像它停止了残留物的名称..

我使用的代码是：

get.positions <- function(sourcefile, chain_required = "A"){
positions = data.frame()
visited = list()
filedata <- readLines(sourcefile, n= -1)
for(i in 1: length(filedata)){
  input = filedata[i]
  id = substr(input,1,4)
  if(id == "ATOM"){
    type = substr(input,14,15)
      if(type == "CA"){
        #if there are duplicates it takes the first one
        residue = substr(input,18,20)
        type_of_chain = substr(input,22,22)
        atom_count = strtoi(substr(input, 23,26))
        if(atom_count >=1){
          if(type_of_chain == chain_required && !(atom_count %in% visited) ){
            position_string = trim(substr(input,30,54))
            position_string = lapply(unlist(strsplit(position_string," +")),as.numeric)
            positions<- rbind(positions, list(residue, atom_count, type_of_chain, position_string[[1]], position_string[[2]], position_string[[3]]))
            }
        }
      }
     }

    } 
        return (positions)
 }

Answer 1

当我使用该数据运行代码时，我得到type=="LU"（因此它未通过type=="CA"测试），其余的处理从未完成。我认为您可能需要将索引更改为

type = substr(input,10,11)

修复该问题会导致其他问题，并且由于目标没有明确说明，因此很难解决所有问题，但它建议您编辑代码和数据以使其可重现。这可能是一个可重现的输入/执行方法：

get.positions(textConnection("ATOM 230 CA GLU A 31 66.218 118.140 2.411 1.00 31.82 C") )

Answer 2

在结束时，以下工作。首先，我制作了一个更大的数据框，然后只需替换特定的行（谢谢Joran将我链接到R inferno）。

对于询问我为什么要加分的用户，您的假设是不正确的。语法实际上是“+”，这是一个空格加，因此它在多个空格上分裂。最后，对于不正确的索引，我终于弄清楚如何在表单上显示额外的空格。这是正确的原始行，您将看到索引匹配。

ATOM      2  CA  MET A   1      62.935  97.579  30.223  1.00 37.58           C

有效的R代码如下。

get.positions <- function(sourcefile, chain_required = "A"){
N <- 10^5
AACount <- 0
positions = data.frame(Residue=rep(NA, N),AtomCount=rep(NA, N),SideChain=rep(NA, N),XCoord=rep(NA, N),YCoord=rep(NA, N),ZCoord=rep(NA, N),stringsAsFactors=FALSE)     

visited = list()
filedata <- readLines(sourcefile, n= -1)
for(i in 1: length(filedata)){
  input = filedata[i]
  id = substr(input,1,4)
  if(id == "ATOM"){
    type = substr(input,14,15)
      if(type == "CA"){
        #if there are duplicates it takes the first one
        residue = substr(input,18,20)
        type_of_chain = substr(input,22,22)
        atom_count = strtoi(substr(input, 23,26))
        if(atom_count >=1){
          if(type_of_chain == chain_required && !(atom_count %in% visited) ){
            visited <- c(visited, atom_count)
            AACount <- AACount + 1
            position_string = trim(substr(input,30,54))
            position_string = lapply(unlist(strsplit(position_string," +")),as.numeric)
            #print(input)
            positions[AACount,]<- c(residue, atom_count, type_of_chain, position_string[[1]], position_string[[2]], position_string[[3]])
            }
        }
      }
  }

} 
positions<-positions[1:AACount,]
return (positions)

}

向数据帧添加行

2 个答案: