如何为knitr markdown文档设置cache = FALSE并覆盖代码块设置？

Question

我知道我可以使用cache=TRUE选项使用带有knitr的R Markdown来缓存R代码块。例如，它可能看起来像这样：

```{r longanalysis, cache=TRUE}
for (i in 1:5000) {
    lm((i+1)~i)
}
```

我意识到如果我想为该分析禁用缓存，我可以将代码块中的选项更改为cache=FALSE。但是，如果我有许多启用了缓存的R代码块，则需要仔细查找和替换操作。

问题

• 有没有办法暂时为整个R Markdown文档设置cache=FALSE？

评论

我看过第一行的this example。所以我想这是一种设置全局设置的方法，但我认为本地设置会覆盖全局设置。

`r opts_chunk$set(fig.width=5, fig.height=5, fig.path='')`

Answer 1

似乎默认设置为FALSE，本地块选项覆盖全局选项，但您可以做的一件事是将默认情况下的全局选项设置为缓存，方法是将其添加到文档顶部

`r opts_chunk$set(cache=TRUE)`

然后，对于您不希望缓存的部分，您将显式将这些部分设置为cache = FALSE。

然后，如果要将整个文档设置为不缓存任何内容，可以将全局选项更改为FALSE并重新运行。

问题是，如果任何块选项设置为cache = TRUE，那么这些选项将覆盖全局设置，如果将global选项设置为FALSE，则不会重新运行。所以我认为实现你想要的唯一方法是将默认值更改为cache = TRUE，显式设置你不希望缓存的块有缓存= FALSE，然后你可以将全局选项切换为FALSE来做什么你想要什么时候发生。

Answer 2

删除缓存选项

knitr创建一个目录来存储缓存的对象。默认情况下，它被称为cache。 要确保无论代码块cache设置如何都运行所有分析，只需删除缓存目录的内容。

因此，在Linux上的Rstudio

1. 转到菜单Tools - Shell，在包含降价文件的工作目录中打开控制台。
2. 输入命令rm cache/*

基本工作流程

这是我目前的基本工作流程

• 如果编织很快（例如，少于10秒），请不要缓存。
• 如果编织需要一段时间（例如，超过10秒），请将`r opts_chunk$set(cache=TRUE)`添加到R Markdown文件中。
• 如果缓存导致问题并且编织相对较快（例如，在几分钟内），则删除整个缓存。
• 如果缓存导致问题并且编织需要很长时间（例如，几分钟或几小时），请命名R代码块并使用dependson option in knitr。命名还允许选择性删除缓存目录中的命名R代码块。

Answer 3

一旦您已经创建了文档，就太迟了，但是对于将来的文档，您可能需要考虑使用knitr评估参数的事实。这意味着您可以拥有以下内容：

```{r data.loading.chunk1, cache = cachedata}
blah blah
```
blah blah

```{r model.fitting.chunk1, cache = cachemodels}
blah blah
```

然后在文档的顶部我有类似的东西：

```{r libraries.etc, echo=FALSE, results='hide', message=FALSE}
cachedata = TRUE
cachemodels = TRUE
```

然后，您可以一次快速打开大量块的缓存。