Question

我对clustalx

生成的3个序列进行了对齐

AAAACGT Alpha
AAA-CGT Beta
AAAAGGT Gamma

我可以通过align[:,:4]

在Biopython中使用预定义的索引切片对齐

但是，打印结果会给出：

AAAA Alpha
AAA- Beta
AAAA Gamma

如何在不打印下面给出的名称的情况下捕获子对齐？

AAAA
AAA-
AAAA

align[:,:4].seq没有提供我正在寻找的输出。

Answer 1

我首先要问一个后续问题 - align[:,:4]的确切类型是什么？

无论哪种方式，它似乎都是某种数组，所以你不能简单地做.seq。如果seq确实是各个条目的属性，那么您可以做的是使用map函数提取它们：

map(lambda el: el.seq, align[:, :4])

Answer 2

您可以执行以下操作：

for x in align[:, :4]:
    print x.seq

或者在print语句所在的地方做任何你想做的事。