Question

（1）我必须安装一个python包（HTSeq），但我没有root权限。

包需要python 2.4或最新版本。我们的集群上有python 2.3。

因此我在我的一个本地目录上安装了python 2.7 使用

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install

（2）该软件包还需要numpy：所以我也使用：

将它安装在我的本地目录中

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localnumpy

并完成了

>>> sys.path.append("/home/amit/tools/localnumpy/lib/")

（3）我下载了HTSeq的tar文件（我想下载）并运行

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localhtseq

它引发了以下错误：

Could not import 'setuptools',
falling back to 'distutils'.
Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'.
Please install numpy and then try again to install HTSeq.

请告诉我如何克服它

提前致谢

Answer 1

安装工具包是安装该软件包所需的另一项要求。

一种选择是使用virtualenv来创建一个包含的python环境。这可以在任何地方进行，并由创建它的用户拥有。

安装没有管理员权限的virtualenv（来自this answer）：

下载最新版virtualenv的tar.gz。打开包装。您甚至不需要安装它，只需运行virtualenv.py，例如：

wget http://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.7.1.2.tar.gz
tar -xzf virtualenv-1.7.1.2.tar.gz
/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 virtualenv-1.7.1.2/virtualenv.py env

env/bin/pip install HTSeq
env/bin/pip install numpy

现在使用虚拟环境中的python二进制文件运行脚本：

env/bin/python myscript.py

Answer 2

1）您必须安装setuptools（必须运行HTSeq的setup.py）。

下载源代码 tar.gz setuptools-0.6c11.tar.gz，将其解压缩，然后执行安装python2.7之类的步骤，但是在解压缩setuptools源文件夹的文件夹中：

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install

2）当您安装setuptools时，easy_install可执行文件将出现在python2.7/scripts/文件夹中。您可以使用它轻松安装软件包：

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7/scripts/easy_install HTSeq

它将自动找到该软件包，并将为您和所有依赖项下载并安装它。

由非root用户安装python包/工具

2 个答案: