Question

我有一个包含这样的行的文件：

NM_198212 chr7 + 115926679 115935830 115927071 11593344 2 115926679,115933260，（感兴趣的是这一栏，这些数字被称为外显子开始）115927221,115935830，（和这一个，这些被称为外显子末端）

最后两列（以逗号分隔的列）可以具有可变数量的整数。这意味着它可以用逗号分隔五个数字，甚至是15。

如果我有文件的第一行，我想要一条看起来像这样的行：

NM_198212 | chr7（+）：115926679-115935830 | 115926679-115927221,115933260-115935830（但这可以根据给定的开始和结束的数量继续）

更简单的比例：

NM _ ???? chr12 - 10 110 10 110 3 10,50,100,20,60,110，

我希望该信息行的结尾为10-20,50-60,100-110

如何编写代码以使我想要输出的行的末尾包括这些代码中的每一个，而不管数字的数量。

我有这个代码，如果有帮助，会将所有开头和结尾配对。

fp = (infile, 'r')
for line in fp:
   tokens = line.split()
   exonstarts = tokens[8][:-1].split(',')
   exonends = tokens[9][:-1].split(',')
   zipped = list(zip(exonstarts, exonends))

对于上面的例子，zipped将是[（10,20），（50,60），（100,110）]。我的问题是如何将它合并到我想要的信息行中（除了包含开头和结尾的部分之外，我写了整个表达式。

因此，我不知道如何将这些从列表中删除并转换为我想要的格式。

Answer 1

不确定这是你所追求的，但是：

range_str = ",".join(["%s-%s" % item for item in zipped])

如果压缩== [（10,20），（50,60），（100,110）]

10-20,50-60,100-110

添加一行代码以生成序列行（python）

1 个答案: