Question

我有一个包含以下字符串的文件：

NM_???? chr12 - 10 110 10 110 3 10,50,100, 20,60,110,

我对最后两列很感兴趣，第一列是逗号分隔的exonstart列表，最后一列是以逗号分隔的exonends列表。

那就是说，我做了以下事情：

fp = open(infile, 'r')
for line in fp:
   tokens = line.split()
   exonstarts = tokens[8][:-1].split(',')
   exonends = tokens[9][:-1].split(',')
   zipped = list(zip(exonstarts, exonends))

现在我有一个如下所示的列表：

[(10, 20), (50, 60), (100, 110)]

我有另一个问题，我有一种刺痛，我想要这些。所以，例如，我想要chr_string[10:20]+chr_string[50:60]+chr_string[100:110]有没有办法我可以轻易说出这个？

Answer 1

我认为最恐怖的方式是：

''.join(chr_string[a[0]:a[1]] for a in myList)

Answer 2

"".join(chr_string[slice(*exon_interval)] for exon_interval in zipped)

Answer 3

通过使用这些对切片list（我已经伪造）获得chr_string：

>>> [chr_string[start:end + 1] for start,end in zip(exonstarts, exonends)]
['05060708091', '25262728293', '50515253545']

将这些加在一起：

>>> ''.join(chr_string[start:end + 1] for start,end in zip(exonstarts, exonends))
'050607080912526272829350515253545'

从字符串中拉出部件（python）

3 个答案: