列出与R中的完整路径模式匹配的所有文件

时间:2012-04-27 15:33:41

标签: regex r path

我正在尝试获取与完整路径模式匹配的文件列表。到目前为止,我已经使用了list.files()但它没有用。

我们假设我们有以下目录组织:

results
   |- A
   |  |- data-1.csv
   |  |- data-2.csv
   |
   |- B
      |- data-1.csv
      |- data-2.csv

然后是以下命令:

list.files(pattern='data-.*\\.csv', recursive=TRUE)

将返回与模式匹配的所有文件。这有效,但使用完整路径模式时会出现问题。例如,如果我想从目录 results / A 获取所有CSV文件,我可以这样做:

list.files(pattern='results/A/data-.*\\.csv', recursive=TRUE)

但这不起作用。不知何故,似乎R无法使用全路径模式作为正则表达式。在这种情况下,解决方案可能只是使用 results / A 作为基本路径。但在更复杂的问题中,这是不可能完成的。例如,在某些时候,我们可能希望匹配仅包含字符的子目录:

list.files(pattern='results/[A-Z]+/data-.*\\.csv', recursive=TRUE)

是否可以在R?

中执行此操作

更新:在使用临时解决方案一段时间后,我决定一次又一次地停止输入相同内容。因此,我创建了一个library来简化此任务。

4 个答案:

答案 0 :(得分:30)

首先,请注意您没有使用正则表达式模式。你的第一个例子应该是:

list.files(pattern='data-.*\\.csv', recursive=TRUE)

然后,似乎list.files内的模式匹配应用于文件基名(即,不包括目录路径),因此您可以将任务拆分为:

  1. 查找仅与基本名称匹配的所有文件,返回其完整路径:

    basename.matches <- list.files(pattern='data-.*\\.csv', recursive=TRUE,
                                   full.names = TRUE)
    basename.matches
    # [1] "./results/A/data-1.csv" "./results/A/data-2.csv" "./results/B/data-1.csv"
    # [4] "./results/B/data-2.csv"
    
  2. 仅保留与预期目录匹配的内容:

    full.matches <- grep(pattern='^\\./results/A/', basename.matches, value = TRUE)
    full.matches
    # [1] "./results/A/data-1.csv" "./results/A/data-2.csv"
    

答案 1 :(得分:7)

您不能仅使用list.files执行此操作,因为它会循环遍历path中的每个元素,并将正则表达式应用于其中包含的文件。但由于path的{​​{1}}参数可以接受矢量,因此您可以使用它来解决问题。

list.files

答案 2 :(得分:0)

我认为有一个更简单的解决方案:

Sys.glob(file.path(results, "[A-Z]", "data-*.csv"))

答案 3 :(得分:0)

我会用

paths <- list.files(results, pattern= glob2rx("*data-*.csv$*"), full.names=T, recursive=T)