Question

我有一个非常基本的问题。

我是R的新用户，这些天我使用一个R包进行分析，我必须运行该包的R命令列表以获得所需的输出。我想创建我的分析管道并自动化它，以便我可以使用一个带有所需参数的单个R命令来完成我的工作。

我们在shell脚本中做的这类工作（我们添加了多个linux命令，awk / sed / perl行

请给我一些关于如何做到这一点的链接，我会很感激。

Answer 1

假设这是我的分析管道：我想从正态分布生成10个数字，平均值为MU，标准差为SD，然后用它们做其他事情：

MU <- 1  # the mean
SD <- .5 # standard deviation
NUMBER_TO_GENERATE <- 10

x <- rnorm(NUMBER_TO_GENERATE, mean=MU, sd=SD)
# ... more analysis here.

目前我将这些命令复制粘贴到R终端。有几种方法可以“自动化”。

1。写一个函数

我将我的命令列表包含在一个大函数中，并将我的参数作为函数参数：

myFunction <- function( MU, SD, NUMBER_TO_GENERATE ) {
    x <- rnorm(NUMBER_TO_GENERATE, mean=MU, sd=SD)
    # ... rest of analysis
}

现在在R中，我可以myFunction(1, .5, 10)，减少我必须输入的命令数量。

2。写一个剧本

我可以写一个脚本文件myScript.r。这就像一个bash脚本，除了它是一个R命令列表。

我可以将我原来的命令列表放在那里，或者我可以将我的函数放在那里以及底部myFunction(1,.5,10)的附加声明。

然后从在 R中，我可以这样做：

source('myScript.r')

它将运行脚本中的所有R命令。

3。从shell

如果你想从shell中获取这个脚本，我建议你有一个文件myScript.r，里面有这个函数。

然后查看Rscript（您可以从R中?Rscript）。这是默认安装的R，您可以使用它从unix / windows命令行执行R命令。

例如：

[mathematical.coffee@bar ~]$ Rscript -e '1+1'
[1] 2

特别是，您可以将方法1）和2）与Rscript结合使用，以执行以下操作：

[mathematical.coffee@bar ~]$ Rscript -e 'source("myScript.R"); myFunction( 1, .5, 10 )'

运行你的功能。

或者您当然可以在myFunction(1, .5, 10)中加入myScript.R，在这种情况下，您可以Rscript myScript.R。

前者的优点是如果你想做shell脚本（我只提到这个，因为你在你的问题中提到了bash脚本）。在 bash 脚本中，我们可以执行以下操作：

#!/bin/bash
MU=1;
SD=.5;
NUM=10;

Rscript -e "source('myScript.r'); myFunction($MU,$SD,$NUM)"

但是我认为没有将bash脚本与R脚本混合 - 正如我之前提到的，我只提到了这个选项，因为你在你的问题中提到了bash / unix脚本。

Answer 2

功能可能就是你要找的东西

foo <- function() {
 data <- data.frame(a=1:10, b=10:1)
 plot(data)

  # many more commands here
}

然后你可以调用foo()并运行所有命令。

有关更深入的信息，请参阅R help。

您也可能感兴趣source()，请参阅?source。

Answer 3

另一种选择是使用Rscript运行程序。可以使用函数args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)访问命令行中的参数（它们作为列表返回）

e.g。使用上面的math.coffee示例，您的脚本看起来像

输入'contributors（）'以获取更多信息和 '引用（）'关于如何在出版物中引用R或R包。

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
MU <- as.numeric(args[[1]])  # the mean
SD <- as.numeric(args[[2]]) # standard deviation
NUMBER_TO_GENERATE <- as.integer(args[[3]])

rnorm(NUMBER_TO_GENERATE, mean=MU, sd=SD)
doOtherStuff(x)

然后，您可以将您的功能称为Rscript myscript.R 2.0 0.1 100

如果你想用参数做更好的事情（例如--filename），你可以使用optparse库。 http://www.r-bloggers.com/passing-arguments-to-an-r-script-from-command-lines/

如何在R中自动执行命令？

3 个答案:

1。写一个函数

2。写一个剧本

3。从shell