Question

我有一些结果，我需要得到如下模式：“./。”，“0/1”，“0/0”。
我怎么能用bash做到这一点？感谢。

G   A   89.43   PASS    AB=0.427;AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=-1.468;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6373;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.134;SB=-26.82;set=variant2    GT:AD:DP:GQ:PL  ./. 0/1:2,3:5:67.41:102,0,67    ./. 0/1:1,1:2:25.53:26,0,36 0/0:5,0:5:15.05:0,15,200

Answer 1

怎么样

grep -o './.' <<< "$results"

Answer 2

我用perl。

echo "G   A   89.43   PASS    AB=0.427;AC=2;AF=0.33;AN=6;BaseQRankSum=-1.468;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6373;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.134;SB=-26.82;set=variant2    GT:AD:DP:GQ:PL  ./. 0/1:2,3:5:67.41:102,0,67    ./. 0/1:1,1:2:25.53:26,0,36 0/0:5,0:5:15.05:0,15,200" \
  | perl -lne 'my @matches = m{(./.)}g; print join "\n", @matches;'

返回：

./.
0/1
./.
0/1
0/0

Answer 3

这可能对您有用：

sed 'G;:a;/^\n,*/{s///;;b};s/^\(.\/.\)\(.*\)/\2,\1/;ta;s/.//;ba' file
./.,0/1,./.,0/1,0/0

使用bash从不同的行列Grep特定模式

3 个答案: