pheatmap集群注释

Question

我试图将基于k-means的聚类算法的结果显示为pheatmap。为此，我使用此处建议的过程：R draw kmeans clustering with heatmap

现在的问题是，我想添加一个突出显示聚类的配色方案，类似于heatmap和heatmap.2中的＆＃34; RowSideColors＆＃34; -option。至于pheatmap，我发现只有annotation选项，但这是按列方式而不是按行方式。有没有办法在pheatmap中突出显示行集群？

我的另一个想法是将群集列添加为热图中的单独颜色。但是，我需要使用另一种颜色方案，而不是热图的其余部分，所以我不确定它是否可行。

Answer 1

现在pheatmap包中有一个annotation_row参数：

library(pheatmap)

# define a matrix
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# annotate rows
annotation_row = data.frame(
GeneClass = factor(rep(c("Path1", "Path2", "Path3"), c(10, 4, 6))))
rownames(annotation_row) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# plot pheatmap
pheatmap(test, annotation_row = annotation_row)

Answer 2

好吧，你可以直接使用heatmap或heatmap.2，因为pheatmap没有这种参数。实际上，我有类似的任务。