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我需要一种非常快速有效的DNA模式字符串匹配算法，允许最多1个不匹配。我尝试过boyer-moore-horspool算法，但它超过了所需的时间。 文本和模式的长度可以达到100000.请给我一个非常快速的算法，我可以开始努力解决这个问题。
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您可以尝试使用距离= 1
http://en.wikipedia.org/wiki/Hamming_distance