Question

我需要创建一个名为extractGenes.py

的程序

命令行参数需要采用2 OR 3参数：

-s是一个可选参数或开关，表示用户wwants拼接的基因序列（内含子被删除）。用户不必提供这个（意味着他想要整个基因序列），但是他确实提供了它然后它必须是第一个参数
输入文件（带基因）
输出文件（程序将创建存储fasta文件的位置

该文件包含以下行：

NM_001003443 chr11 + 5925152 592608098 2 5925152,5925652, 5925404,5926898,

但是，我不确定如何将-s可选参数包含在启动函数中。

所以我开始：

getGenes(-s, input, output):
fp = open(input, 'r')
wp = open(output, "w")

但不确定如何加入-s。

Answer 1

这种情况很简单，可以直接使用sys.argv：

import sys

spliced = False
if '-s' in sys.argv:
    spliced = True
    sys.argv.remove('-s')
infile, outfile = sys.argv[1:]

或者，您也可以使用更强大的工具（如argparse和optparse）来生成命令行解析器：

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser(description='Tool for extracting genes')
parser.add_argument('infile', help='source file with the genes')
parser.add_argument('outfile', help='outfile file in a FASTA format')
parser.add_argument('-s', '--spliced', action='store_true', help='remove introns')

if __name__ == '__main__':
    result = parser.parse_args('-s myin myout'.split())
    print vars(result)

Answer 2

Argparse是一个python库，它将为您处理可选参数。 http://docs.python.org/library/argparse.html#module-argparse

Answer 3

尝试这样的事情：

def getGenes(input, output, s=False):
    if s:
        ...
    else:
        ...

如果输入2个参数，则s为False; getGenes（输入，输出）

如果使用3个参数调用getGenes（），则s将是第3个参数，因此在这种情况下使用任何非False值调用它将产生else子句。

可选参数Python？

3 个答案: