Question

我正在尝试设计一个awk命令来选择值为第2列的行，该值在通过将一行的特定列配对而定义的值范围内。它可用于调用不在外显子边界的50个核苷酸内的单核苷酸多态性。该文件如下所示：

ID  X   start   end start   end start   end start   end  
Fal1825_c6  802 2   62  62  239 239 362 362 934  
Fal1821_c2  152 1   19  22  159 159 263 264 398  
Fal18279_c7 41  1   177 177 598                 
Fal18376_c3 367 1   251 251 421                 
Fal18748_c2 601 1   152 152 489 489 499 499 677  
Fal18748_c2 500 1   152 152 489 489 499 499 677  
Fal18792_c3 750 1   234 234 459 459 762 762 83  
Fal19487_c2 89  1   177 177 270 270 409 411 459

我想只打印第二列的值落在范围（“开始”+50）和（“结束” - 50）中的行，用于该行上的任何“开始”和“结束”配对（配对）仅由“开始”和“结束”列彼此相邻制成，即（$ 3 + 50和$ 4-50）或（$ 5 + 50和$ 6-50）或（$ 7 + 50和$ 8-50），以及等等，考虑组件的所有成对的起始列。

输出如下：

ID  X   start   end start   end start   end start   end  
Fal1825_c6  802 2   62  62  239 239 362 362 934  
Fal18376_c3 367 1   251 251 421             
Fal18748_c2 601 1   152 152 489 489 499 499 677  
Fal19487_c2 89  1   177 177 270 270 409 411 459

我的尝试命令看起来像这样

awk '{a=3; b=4; while ($a > 0) do {if ($2 > ($a + 50) && $2 < ($b + 50)){print $0} else {a+2, b+2} }'

谢谢

Answer 1

尝试：

awk '{
for (i = 3; i <= NF; i += 2)
  if ($2 > $i+50 && $2 < $(i+1)-50) { print; next } 
}' FILE

awk命令从由列对定义的区间中选择值

1 个答案: