Question

我想在R。

做fisher.test

我已经拥有列联表的数据（在单独的file.txt中）。

我想：

输入文件＆amp;根据他们的名字匹配他们;
输入测试的匹配文件数据;

- 所有文件都是这样的：

 56
 989

所有文件只有两行（＃1发生＆＃2未发生）;

- 文件名称是：

Anna_50.txt
Anna_100.txt
Anna_200.txt
Ben_50.txt
Ben_100.txt
Ben_200.txt

- 我想为Anna_50做一个Fisher测试＆amp; Ben_50; Anna_100＆amp; Ben_100等：

-Questions：

files <- list.files()

如何在文件中匹配Anna_50和Ben_50;

如何按输入顺序创建矩阵很棘手。

table <- matrix(c(Anna_50_Occ, Ben_50_Occ, Anna_50_NonOn, Ben_50_NonO)2,2)

如何在所有文件上运行？

期待您的回答。试图让这个尽可能清楚 - 我真的需要这个，但是如果有些事情仍然不清楚，请不要犹豫。

Answer 1

我有一些代码可以解决这个问题。但是，由于我没有您的文件，最后一部分可能会失败。

这个想法如下。首先，您从files读取数字。然后，您创建两个包含文件名的向量。一个用于所有Anna文件，一个用于Ben文件。然后创建一个函数，用于在其中两个对象上运行Fisher测试。最后的魔术是通过mapply同时迭代两个文件名向量来实现的：

files <- c("Anna_50.txt", "Anna_100.txt", "Anna_200.txt", "Ben_50.txt", 
    "Ben_100.txt", "Ben_200.txt")

# get the numbers from the filenames
numbers <- vapply(strsplit(vapply(strsplit(files, "\\."), "[", i = 1, ""), "_"), "[", i = 2, "")

# only use those numbers that appear two times:
t.num <- table(numbers)
valid.num <- dimnames(t.num)[[1]][t.num == 2]

# make vector for Anna and Ben (that now have the same ordering)
f.anna <- paste("Anna_", valid.num, ".txt", sep = "")
f.ben <- paste("Ben_", valid.num, ".txt", sep = "")

#Now you can use mapply with a suitable function
# Did not check it as I dont have the files, but the logic should become clear:
run.fisher <- function(file1, file2) {
    d1 <- scan(file1)
    d2 <- scan(file2)
    d.matrix <- matrix(c(d1, d2), byrow = TRUE)
    fisher.test(d.matrix)
}

# now use mapply to obtain a list with all results:

mapply(run.fisher, f.anna, f.ben)

更新：实际上，您可以减少从文件名中获取数字的行：

files <- vapply(strsplit(files, "[\\._]"), "[", i = 2, "")

fisher.test许多文件（已经有表数据）输入

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