Question

基本上我有这些文件（来自NCBI的medline）。每个都与期刊标题相关联。每个都有0个，1个或更多个genbank标识号（GBID）。我可以将每个文件的GBID数量与每个日志名称相关联。我的问题是我可能有多个文件与同一个日志关联，我不知道如何将每个文件的GBID数量添加到每个日志的GBID总数中。

我目前的代码： jt代表期刊标题，从文件中正确拉出。 GBID将被添加到遇到的计数中。

完整代码：

 #!/usr/local/bin/ruby

 require 'rubygems'
 require 'bio'


Bio::NCBI.default_email = 'kepresto@uvm.edu'

ncbi_search = Bio::NCBI::REST::ESearch.new
ncbi_fetch = Bio::NCBI::REST::EFetch.new


print "\nQuery?\s" 

query_phrase = gets.chomp

"\nYou said \"#{query_phrase}\". Searching, please wait..."

pmid_list = ncbi_search.search("pubmed", "#{query_phrase}", 0)

puts "\nYour search returned #{pmid_list.count} results."

if pmid_list.count > 200
puts "\nToo big."
exit
end

gbid_hash = Hash.new
jt_hash = Hash.new(0)


pmid_list.each do |pmid|

ncbi_fetch.pubmed(pmid, "medline").each do |pmid_line|

    if pmid_line =~ /JT.+- (.+)\n/
        jt = $1
        jt_count = 0
        jt_hash[jt] = jt_count

        ncbi_fetch.pubmed(pmid, "medline").each do |pmid_line_2|

            if pmid_line_2 =~ /SI.+- GENBANK\/(.+)\n/
                gbid = $1
                jt_count += 1
                gbid_hash["#{gbid}\n"] = nil
            end 
        end 

        if jt_count > 0
            puts "#{jt} = #{jt_count}"

        end
        jt_hash[jt] += jt_count
    end
end
end


jt_hash.each do |key,value|
# if value > 0
    puts "Journal: #{key} has #{value} entries associtated with it. "
# end
end

# gbid_file = File.open("temp_*.txt","r").each do |gbid_count|
#   puts gbid_count
# end

我的结果：

 Your search returned 192 results.
 Virology journal = 8
 Archives of virology = 9
 Virus research = 1
 Archives of virology = 6
 Virology = 1

基本上，如何让它说病毒学档案= 15，但是对于任何期刊的头衔？我尝试了一个哈希，但病毒学的第二个档案只是覆盖了第一个......有没有办法让两个键在哈希中添加它们的值？

Answer 1

我并不完全遵循你在这里所要求的。

但是，您要覆盖给定哈希键的值，因为您这样做：

jt_count = 0
jt_hash[jt] = jt_count

您之前已经初始化了哈希：

jt_hash = Hash.new(0)

也就是说，每个键的默认值都是0.因此，没有必要将jt_hash [jt]初始化为0。

如果删除此行：

 jt_hash[jt] = jt_count

然后jt_hash [jt]的值应该为每次循环

累积

ncbi_fetch.pubmed(pmid, "medline").each do |pmid_line|
  ....
end

Answer 2

更改这两行：

   jt_count = 0
   jt_hash[jt] = jt_count

到此：

   if jt_hash[jt] == nil
      jt_count = 0
      jt_hash[jt] = jt_count
   else
      jt_count = jt_hash[jt]
   end

这只是检查该键的空值是否为空值，如果为空，则在其中键入一个整数。如果它不为null，则返回前一个整数，以便添加。

如何添加哈希值而不是用新值覆盖？

2 个答案: