Question

所以我有一个包含这个文件的文件：

SequenceName 4.6e-38 810..924
SequenceName_FGS_810..924 VAWNCRQNVFWAPLFQGPYTPARYYYAPEEPKHYQEMKQCFSQTYHGMSFCDGCQIGMCH
SequenceName 1.6e-38 887..992
SequenceName_GYQ_887..992 PLFQGPYTPARYYYAPEEPKHYQEMKQCFSQTYHGMSFCDGCQIGMCH

我希望我的程序只读取包含这些蛋白质序列的行。到目前为止，我得到了这个，它跳过第一行并阅读第二行：

handle = open(filename, "r")
handle.readline()
linearr = handle.readline().split()
handle.close()

fnamealpha = fname + ".txt"
handle = open(fnamealpha, "w")
handle.write(">%s\n%s\n" % (linearr[0], linearr[1]))
handle.close()

但它只处理第一个序列，我需要它来处理包含序列的每一行，所以我需要一个循环，我该怎么办呢？保存到txt文件的部分也非常重要，所以我需要找到一种可以将这两个目标结合起来的方法。我输出的代码是：

>SequenceName_810..924
VAWNCRQNVFWAPLFQGPYTPARYYYAPEEPKHYQEMKQCFSQTYHGMSFCDGCQIGMCH

Answer 1

好的，我想我理解你的问题 - 你想迭代文件中的行，对吧？但只有序列中的第二行 - 具有蛋白质序列的那一行 - 重要，对吗？这是我的建议：

# context manager `with` takes care of file closing, error handling
with open(filename, 'r') as handle:
    for line in handle:
        if line.startswith('SequenceName_'):
             print line.split()
             # Write to file, etc.

我的理由是你只对以SequenceName_###开头的行感兴趣。

Answer 2

使用readlines并将其全部放入for循环。

with open(filename, 'r') as fh:
    for line in fh.readlines:
        # do processing here

在#do processing here部分，您可以准备另一行列表以写入另一个文件。（使用with处理所有正确的闭包并确定。）

用Python循环遍历

2 个答案: