将R代码转换为C代码

时间:2012-04-13 15:11:23

标签: c r matrix

我正在考虑将R脚本转换为C代码,以加快速度,并将其打包为.exe。我是C.的新手。

我的问题是它会在C中明显加快吗?速率限制步骤是一种必须在大向量上应用很多次的排序算法。我不确定R中的矢量化功能是否会对此有所帮助或减慢速度。我还读到,在R中for循环效率很低。

如果我应该在C中执行此操作,哪些库可以帮助我模仿R的一些数据处理功能,如基本矩阵操作?我应该从哪里开始?现在我甚至不知道如何将我的数据读入C(逗号分隔的文本文件)。

1 个答案:

答案 0 :(得分:10)

我会尽力回答这个问题。

...但你不问的问题可能更相关:R算法可以在R中更快吗?这里的答案通常是“是”。可以“足够快”吗?好吧,如果不尝试(并查看当前的R代码),这是不可能回答的。

问:我的R算法在C中会更快吗?

答:是的!如果你为算法编写“最佳”C代码,它很可能会更快。很可能还会做很多<​​/ strong>更多的工作。

问:在C?中可以更快地对大型载体进行分类吗?

答:是的。使用多线程,您可以提高速度。 ...但是首先在R中调用sort(x, method='quick'),看看是否有所改善!对于随机数据,默认方法不是很快。

x <- runif(1e7)
system.time( sort(x) )                   # 2.50 secs
system.time( sort(x, method='quick') )   # 1.37 secs
#system.time( tommysort(x) )             # 0.51 secs (4 threads)

问:哪些库模仿基本的R函数?

答:LAPACK / BLAS处理R中的矩阵数学。如果这就是你所需要的,你可以找到比R中的vanilla快得多的库(你也可以在R中使用它们来提高性能!)。

More info on BLAS

另一种方法是从R到C创建一个.Call,从那里你可以访问所有R的功能! inline包和Rcpp包可以帮助您更轻松。

第三种方法是在应用程序中嵌入R. Rinside可以帮助您更轻松。

问:如何将CSV数据读入C?

答:查看fopenfscanf函数。 ...并使用它们来编写数据导入功能。