Question

我目前正在开展一个项目，我必须并行运行多次重复耗时的MATLAB函数。出于这个问题的目的，我们将函数称为myfunc。

myfunc使用MEX文件，每3小时最终会发生一次随机分段违规。我无法诊断分段错误，因为它源于我自己不编码的专有API。但是，我知道它发生在MEX文件中，我也知道它与我可以更改的任何设置没有确定性相关。

我想解决分段违规问题，理想情况下我还想继续在MATLAB中使用parfor函数。我现在的想法是在parfor循环中使用try catch循环，如下所示：

    %create an output cell to store nreps of output from 'myfunc'
    output = cell(1,nreps) 

    %create a vector to keep track of how many runs finish successfully without the error
    successfulrun = zeros(1,nreps);

    % run myfunc in parallel
    parfor i = 1:nreps
       try
        output{i}
        successfulrun(i) = true
       end
    end

    %rerun experiments that did not end up successfully
    while sum(successulruns) < nreps

      %count number of experiments to rerun and initialize variables to hold those results
      reps_to_rerun = find(successfulruns == 0);
      nreps_to_rerun = sum(reps_to_rerun);
      newoutput = cell(1,nreps_to_rerun);
      newsuccessfulrun = zeros(1,nreps_to_rerun)

      %rerun experiments
      parfor i = 1:nreps_to_rerun
         try
          newoutput{i};  
          newsuccessfulrun = true;  
         end  
      end

     %transfer contents to larger loop
     for i = 1:nreps_to_rerun

        rerun_index =  reps_to_rerun(i);
        successfulrun(rerun_index) = newsuccessfulrun(i)

        if newsuccessfulrun(i)
            output{i} = newoutput{i};
        end 
    end
end

我的问题是：

即使MEX文件中存在分段违规，仍然可以继续运行更多这样的重复吗？或者我应该清除内存/重启matlabpool？我假设这不应该是问题，因为分段违规是在C.
有没有办法“打破”parfor循环？

Answer 1

你不能打破parfor循环，因为它没有串行运行。因此，parfor循环不能嵌套。^ 1

如果空间不足，则应增加JVM内存分配限制。^ 2

作品引用：

在MATLAB中使用parfor循环解决分段错误

1 个答案: