R中的4路维恩图？

Question

我正在尝试在R中制作一个四维维恩图。 我有这些数据，我想把它放在图表中：

任何人都可以给我一个建议怎么做吗？我尝试使用函数vennDiagram（），但这不起作用，因为它是一个4路图。

我也在尝试使用VennDiagram软件包，但是数据被“分配”到图中正确位置的方式实在令人困惑。我正在使用此代码：

library (VennDiagram)
venn.diagram(
    x=list(
    I=c(1:18,19:31,32:119,125:129,130:192,193:144,145:326,327:373),
    VI=c(516:542,510:515,420:497,498:509,145:326,327:373,130:192,193:144),
    II=c(19:31,32:119,145:326,327:373,374:378,378:419,420:497,498:509),
    III=c(506:509,378:419,32:119,125:129,130:192,145:326,420:497,510:515)
    ),
    filename = "4Way_Venn.tiff",
    col = "black",
    lty = "dotted",
    lwd = 4,
    fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"),
    alpha = 0.50,
    label.col = c("orange", "white", "darkorchid4", "white", "white", "white", 
                  "white", "white", "darkblue", "white", "white", "white", 
                  "white", "darkgreen", "white"),
    cex = 2.5,
    fontfamily = "serif",
    fontface = "bold",
    cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "darkorchid4"),
    cat.cex = 2.5,
    cat.fontfamily = "serif"
    );

任何人都可以帮助我吗？也许使用更简单的解决方案然后使用VennDiagram包。

Answer 1

我可能会忽略这一点，但我不确定你是如何使用这些＆＃39;计数＆＃39;制作维恩图？从列＃c1＆＃39;到＆＃39; c4＆＃39;您可以使用venneuler包非常轻松地制作维恩图：

require(venneuler)
#here I replicate your data
#because it's repeatable, you can use `rep` function to generate it
c1 <- rep(c(0,1),each=8)
c2 <- rep(c(0,1),each=4,times=2)
c3 <- rep(c(0,1),each=2,times=4)
c4 <- rep(c(0,1),times=8)
#put your data into matrix
m <- as.matrix(data.frame(C1=c1,C2=c2,C3=c3,C4=c4))
#plot it
v = venneuler(m)
plot(v)

Answer 2

请注意：我尝试在支持此类功能的几个包中构建4（和更高）的维恩图，并且至少在一种情况下，未正确绘制子空间。例如，完全包含在另一个子集中的子集被绘制，其中一些区域延伸到父子集之外。不幸的是，我不记得是哪一个包那样做的 所以，我的答案是：尝试venneuler，因为GOA说，尝试require(sos); ???venn，并确保仔细测试每个包，以确保它呈现交叉点 正确。

Answer 3

使用新版本的nVennR软件包（0.2.0），您可以通过两种方式实现：

1）从您提供的代码中

myV <- plotVenn(list(I=c(1:18,19:31,32:119,125:129,130:192,193:144,145:326,327:373), 
IV=c(516:542,510:515,420:497,498:509,145:326,327:373,130:192,193:144), 
II=c(19:31,32:119,145:326,327:373,374:378,378:419,420:497,498:509), 
III=c(506:509,378:419,32:119,125:129,130:192,145:326,420:497,510:515)),
setColors = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"), borderWidth=3, opacity=0.2)

2）直接来自第一个列表，

myV2 <- createVennObj(nSets = 4, sNames = c("c1", "c2", "c3", "c4"), sSizes = c(26, 27, 4, 6, 5, 12, 42, 78, 18, 52, 4, 63, 13, 47, 88, 182))
myV2 <- plotVenn(nVennObj = myV2)

第一种方法的优点之一是可以查询每个区域中的元素：

getVennRegion(myV, c("I", "III"))
[1] 125 126 127 128 129

Answer 4

VennDiagram包有4路Venn的功能，即draw.quad.venn（）函数：

http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf