Question

我遇到了序列比对程序创建的一些字符串的问题（这是一个生物信息学项目）。我正在尝试向解析对齐文件的现有C程序添加其他功能，但是我遇到了解析程序创建的“错误匹配”字符串的一些问题。要添加一些上下文，以下是对齐字符串的示例：

例如=“28G11AC10T32”;

以下是如何解释字符串：前28个碱基与序列匹配，然后存在“G”不匹配（总共29个碱基），接下来的11个碱基匹配（总共第40个碱基），“A”不匹配（第41个碱基总数）），“C”不匹配（总共42次），等等......
我需要找出存在不匹配的基本位置（即字符串有一个字符而不是数字）并将其存储到一个int数组中，以便我可以在以后的子程序中查找它。

所以这就是我的问题发挥作用的地方。我编写了一个子程序，我“想”可以解析出来，但是我从输出中得到了一个非常奇怪的工件。注意：请原谅我糟糕而杂乱的代码！无论如何我不是C程序员，我的培训不是计算机科学！

int errorPosition(char *mis_match, int *positions){
    int i = 0; //iterator for loop
    int pi = 0; //position array iterator
    int in = 0; //makeshift boolean to tell if values are inside the pre array
    int con = 0; //temporary holder for values converted from the pre array
    char pre[5]; //this array will hold the digit values that will be converted to ints
    pre[0] = '\0';
    for (i = 0; i < strlen(mis_match); i++){
        if(isalpha(mis_match[i]) && in == 1){
            con += atoi(pre);   // this is the part where I get an artifact (see below)
            positions[pi] = con;
            con++;
            pi++;
            in = 0;
            memset(&pre[0], 0, sizeof(pre));
            pri = 0;
        }else if(isalpha(mis_match[i]) && in == 0){
            positions[pi] = con;
            con++;
            pi++;
        }else if(isdigit(mis_match[i])){
            pre[pri] = mis_match[i];
            pri++;
            in = 1;
        }
    }
    if(pri > 0){
        con += atoi(pre);
        positions[pi] = con;
        pi++;
    }

}

所以，我的问题是，当我到达我上面评论的段（“这是我得到错误的地方”）时，我的“pre”字符串包含数字乘以10.例如，使用示例字符串I如上所列，第一次循环将到达该区域，我预计pre将包含“28”，但它包含“280”！当我使用atoi来转换字符串时，它比我预期的高十倍。
有什么我缺少的东西或C中的一些char数组约定，我在这里不知道吗？提前感谢您的回复。

Answer 1

这可能不是唯一的问题，但您不会将传递给atoi的字符串置零。 '0'第三个位置的280字符可能是垃圾，因为你从未写过数组的那个位置。

要解决此问题，您应在调用atoi之前添加此行：

pre[pri] = '\0';

Answer 2

以下代码将提取（并打印）数字＆amp;字符串的非数字部分;你可以根据这些部分调整它来做你需要的。

char* example = "28G11AC10T32";
int pos = 0;
int value = 0;
while ( 1 ) {
    if ( !isdigit(example[pos]) ) {
        if ( value > 0 )
            printf( "Number = %d\n", value );
        value = 0;
        if ( example[pos]==0 )
            break;
        else
            printf( "Char = %c\n", example[pos] );
    } else {
        value = value * 10 + example[pos]-'0';
    }
    pos++;
}

C：解析由字符分隔的char数字数组，并将数字转换为整数

2 个答案: