如何组合BASH中两个CSV文件的数据?

时间:2012-04-06 01:19:29

标签: ruby perl bash csv python-2.7

我有两个CSV文件,使用@来划分每列。第一个文件(file1.csv)有两列:

cat @ eats fish
spider @ eats insects

第二个文件(file2.csv)有四列:

info @ cat @ info @ info
info @ spider @ info @ info
info @ rabbit @ info @ info

如果第一个文件的第一列和第二个文件的第二列的详细信息匹配,我需要将第一个文件的第二列中的信息添加到第二个文件中的新列。 ,上述结果将成为:

info @ cat @ info @ info @ eats fish
info @ spider @ info @ info @ eats insects
info @ rabbit @ info @ info @

如上所示,由于第一个文件不包含有关兔子的信息,因此会在第二个文件的最后一行添加一个新的空列。

到目前为止,我知道该怎么做:

while read line可用于遍历第二个文件中的行,例如:

while read line
do
    (commands)
done < file2.csv

可以使用awk -F "@*" '{print $n}'访问特定列的数据,其中n是列号。

while read line
do
    columntwo=$(echo $line | awk -F "@*" '{print $2})
    while read line
    do
        columnone=$(echo $line | awk -F "@*" '{print $1})
        if [ “$columnone” == “$columntwo” ]
        then
            (commands)
        fi
    done < file1.csv
done < file2.csv

我的方法似乎效率低下,我不确定如何使用file1.csv1的第二列中的数据添加到file2.csv中的新列。

  • file1.csv1第1列中的项目和file2.csv的第2列对这些文件是唯一的。这些文件中没有重复的条目。
  • 生成的文件在每一行中应该只有5列,即使某些列为空。
  • 该文件包含UTF-8中各种语言的大量字符。
  • @周围有空格,但如果这会导致脚本出现问题,我可以将其删除。

如何将第一个文件中的数据添加到第二个文件中的数据?

8 个答案:

答案 0 :(得分:5)

jowdder's answer几乎就在那里,但由于我在评论中提到的问题不完整:字段中会有不需要的空格,文件没有排序,这是他们需要的。

join -t@ -11 -22 -o2.1,0,2.3,2.4,1.2 <(sed 's/ *@ */@/g' file1.csv | sort -t@) <(sed 's/ *@ */@/g' file2.csv | sort -t@ -k2) | sed 's/@/ @ /g' > output-file

这也可以写成bash脚本,我将解释其中的每一步:

#!/bin/bash -e

# Remove whitespace around the `@`s, then sort using `@` to separate fields (-t@). 
# -k2 tells sort to use the second field.
sed 's/ *@ */@/g' file1.csv | sort -t@ >temp-left
sed 's/ *@ */@/g' file2.csv | sort -t@ -k2 >temp-right

# Join the files. -t@ means break fields at @, 
# -11 says use the first field in the first file,  -22 is the second field in the second file.
# -o... controls the output format, 2.1=second file, first field; 0 is the join field.
join -t@ -11 -22 -o2.1,0,2.3,2.4,1.2 temp-left temp-right > temp-joined

# Add whitespace back in around the @s so it looks better.
sed 's/@/ @ /g' temp-joined >output-file

# Clean up temporary files
rm temp-{left,right,joined}

答案 1 :(得分:4)

一个不错的,干净的awk解决方案:

awk -F" *@ *" 'NR==FNR{lines[$2]=$0} NR!=FNR{if(lines[$1])lines[$1]=lines[$1] " @ " $2} END{for(line in lines)print lines[line]}' file2.csv file1.csv

漂亮的单行。不是短暂的,但不是我见过的最长的。请注意,file2和file1已切换。同样,作为带有解释的脚本:

#!/usr/bin/awk -f

# Split fields on @ and the whitespace on either side.
BEGIN { FS = " *@ *" }

# First file
NR == FNR {
    #Store the line
    lines[$2] = $0
}

# Second file
NR != FNR {
    # If the appropriate animal was in the first file, append its eating habits.
    # If not, it's discarded; if you want something else, let me know.
    if(lines[$1]) lines[$1] = lines[$1] " @ " $2
}

# After both files have been processed
END {
    # Loop over all lines in the first file and print them, possibly updated with eating habits.
    # No guarantees on order.
    for(line in lines) print lines[line]
}

呼叫awk -f join.awk file2.csv file1.csv,或制作可执行文件./join.awk file2.csv file1.csv

答案 2 :(得分:3)

这是POSIX的join实用程序的用途。排序file1.csvfile2.csv(在第二个字段上对后者进行排序)后,运行以下内容:

join -2 2 -a 2 -t @ -e '' -o 2.1,0,2.3,2.4,1.2 file1.csv file2.csv

答案 3 :(得分:2)

这可能对您有用:

sed -e '1i\s/$/ @/' -e 's|^\([^@]*\)@\(.*\)|/^[^@]*@ \1/s/$/\2/|' file1.csv |
sed -f - file2.csv
info @ cat @ info @ info @ eats fish
info @ spider @ info @ info @ eats insects
info @ rabbit @ info @ info @

然而,在大卷上可能不是很快!

答案 4 :(得分:1)

编辑:在深入研究Text::CSV(这是底层解析器/编写器引擎)的文档后,我找到了quote_space选项,可防止空白存在触发引用该领域。在你的问题中,你说你可以允许删除@字符周围的空格,这个方法会在这个过程中为你做这个,但如果这是可以接受的,那么这个答案现在应该满足所有标准。 / p>

以下是使用Perl和我的Tie::Array:CSV的快速示例。此模块允许您像处理本机Perl 2D阵列一样处理CSV文件。

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;

use Tie::Array::CSV;
use List::Util 'first';

my %opts = (
  text_csv => { 
    sep_char => '@',
    allow_whitespace => 1,
    quote_space => 0,
  }, 
);

tie my @file1, 'Tie::Array::CSV', 'file1.csv', %opts;
tie my @file2, 'Tie::Array::CSV', 'file2.csv', %opts;

foreach my $line (@file2) {
  my $animal = $line->[1];
  my $eats = first { $_->[0] eq $animal } @file1;
  if ( $eats ) {
    push @$line, $eats->[1];
  } else {
    push @$line, '';
  }
}

根据file1.csv的大小,最好将整个文件解析到内存中以便更有效地进行搜索。

无论如何,这里是首先在file1.csv中解析的选项

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;

use Tie::Array::CSV;

my %opts = (
  text_csv => { 
    sep_char => '@',
    allow_whitespace => 1,
    quote_space => 0,
  }, 
);

tie my @file1, 'Tie::Array::CSV', 'file1.csv', %opts;
tie my @file2, 'Tie::Array::CSV', 'file2.csv', %opts;

# parse in file1 so that it doesn't need to be searched each time
my %eats;
foreach my $line (@file1) {
  $eats{$line->[0]} = $line->[1];
}

foreach my $line (@file2) {
  my $animal = $line->[1];
  push @$line, $eats{$animal} || '';
}

答案 5 :(得分:1)

另请参阅DBD :: CSV perl模块。它会将每个文件视为一个表,并允许您在其上编写SQL连接。 http://metacpan.org/pod/DBD::CSV

答案 6 :(得分:1)

你还没有说过为什么你必须在bash中这样做。使用像ruby,python或perl这样的全功能语言会更容易。这是一个简短的红宝石计划:

#!/usr/bin/env ruby

f1_map = Hash[ * IO.readlines('file1.csv').map {|l| l.chomp.split(/\s+@\s+/,2) }.flatten ]

STDIN.each_line do |l|
  cols = l.chomp.split /\s+@\s+/
  puts ( cols << f1_map[cols[1]] ).join(' @ ')
end

答案 7 :(得分:1)

我有一个solution based in a Ruby script可以从控制台执行。

我确定你可以对你的细节进行必要的调整,例如&#34; @&#34;作为字段分隔符。