Question

我是R的新手，想要从3组数据集中分析miRNA表达。谁能帮我吗。

在这种情况下，我得到了其他miRNA（在affy芯片上）作为顶部表达的基因。现在我想只选择人类miRNA。请帮帮我

提前致谢

Answer 1

摘要

我不完全确定您的数据框是什么样的，因为我之前没有使用过Affy芯片。让我试着总结一下我认为你告诉我们的内容。您有一个数据框，其中包含Affy芯片上所有microRNA的列表及其表达数据。您想要选择人类独有的这些microRNA的子集。

可能的解决方案1

您没有说明您的数据框是否包含一个变量，用于识别这些microRNA是否确实来自人类。如果它确实包含此信息，那么您需要做的就是根据此标识符对数据进行分组。键入help(subset)或help(Extract)，了解有关如何执行此操作的详细信息。

可能的解决方案2

如果您的数据框不包含此类标识符，则首先需要列出所有已知的人类microRNA。您可以从在线miRBase网站手动检索这些（然后将它们导入R），或者您可以使用R包biomaRt从Ensembl下载它们。要执行后者，在加载biomaRt后，您可以键入以下命令：

miRNA <- getBM(c("mirbase_id", "ensembl_gene_id", "start_position", "chromosome_name"), filters = c("with_mirbase"), values = list(TRUE), mart = ensembl)

上述代码要求R下载miRBase目录中所有microRNA的mirbase标识符，基因ID，起始位置和染色体名称。（请注意，您必须在之前的命令中指定人类Ensembl集市，我尚未显示）。

下载此信息后，您可以使用merge命令或which命令从Affy芯片数据中提取相应的microRNA。

编辑我的原始答案

参考您在2012-02-26 22:08:02发表的评论，请尝试以下方法：

## Load biomaRt package
library(biomaRt)

## Specify which "mart" (i.e., source of genetic data) that you want to use
ensembl <- useMart("ensembl")
ensembl <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", mart = ensembl)

## You can then ask the system what attributes are available for download
listAttributes(ensembl)

      name                      description
58    mirbase_accession         miRBase Accession(s)
59    mirbase_id                miRBase ID(s)
60    mirbase_gene_name         miRBase gene name
61    mirbase_transcript_name   miRBase transcript

上面我已经粘贴了listAttributes()命令输出的 part ，它显示了相关的miRBase选项。现在您可以尝试以下代码：

## Download microRNA data
miRNA <- getBM(c("mirbase_id", "ensembl_gene_id", "start_position", "chromosome_name"), filters = c("with_mirbase"), values = list(TRUE), mart = ensembl)

## Check how much we downloaded
> dim(miRNA)
[1] 715   4

## Peak at the head of our data
> head(miRNA)
      mirbase_id ensembl_gene_id start_position chromosome_name
1 hsa-mir-320c-1 ENSG00000221493       19263471              18
2 hsa-mir-133a-1 ENSG00000207786       19405659              18
3    hsa-mir-1-2 ENSG00000207694       19408965              18
4 hsa-mir-320c-2 ENSG00000212051       21901650              18
5    hsa-mir-187 ENSG00000207797       33484781              18
6   hsa-mir-1539 ENSG00000222690       47013743              18

## Check which chromosomes are contributing to our data
> table(miRNA$chromosome_name)

 1 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19  2 20 21 22  3  4  5  6  7  8  9  X 
50 27 26 25 15 59 26 15 35  7 85 23 32  5 16 31 23 30 17 33 27 28 80

现在您的挑战是使用此下载的数据来解析原始的Affy数据框。再次阅读merge，Extract和which函数的帮助文件，首先尝试自己尝试。

如何在使用R分析数据时从affy芯片中选择人类miRNA？

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