Question

我是Python的新用户，我尝试导入genbank和fasta格式文件。在他们的文档中，他们提供了一个示例，说明了如何将数据集导入Python。具体来说，它们在Biopython教程和食谱中提供了以下示例，第16页：

from  Bio  import  SeqIO

for  seq_record  in  SeqIO.parse("ls_orchid.gbk",  "genbank"):
    print  seq_record.id
    print  repr(seq_record.seq)
    print  len(seq_record)

现在，他们在第14页提到Biopython源代码包含这个文件是真的。但是，python如何通过Bio import SeqIO知道文件的确切位置？请注意，我在安装了biopython及其组件之后尝试了上面的代码，但它从未起作用？

另外，我可以只指定genbank文件的路径并以某种方式打开它！

谢谢

Answer 1

根据http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc10

您需要将文件复制到本地目录

本教程最初编写时，此搜索仅给我们94   点击，我们保存为FASTA格式的文本文件和GenBank   格式化文本文件（文件ls_orchid.fasta和ls_orchid.gbk，也   包含在Biopython源代码下   文档/教程/实例/).

如果您今天运行搜索，您将获得数百个结果！什么时候   按照教程，如果你想看到相同的基因列表，   只需下载上面的两个文件或从docs / examples / in中复制它们   Biopython源代码。在2.5节中，我们将看看如何做一个   从Python中搜索这样的内容。

Answer 2

您似乎需要将ls_orchid.gbk文件保存在与python脚本相同的目录中，否则您需要指定文件的完整路径。您也可以从NCBI下载任何genbank文件并将其添加到目录中，或者指定其位置

for seq_record in SeqIO.parse("~/File Location/File Name", "genbank")

Answer 3

我把Genbank和FASTA放在C：\ Python27中我可以解析所有其他文件格式，如Newick，PhyloXML等你应该联系开发者以获取更多信息

我不明白如何为我想在python中打开的文件指定路径

3 个答案: