安装lapack for numpy

时间:2012-01-18 21:50:16

标签: python numpy installation lapack

运行Ubuntu 11.10 + python2.7 ...从源代码构建numpy并安装它,但是当我去安装它时,我得到了

ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3gf: undefined symbol: ATL_chemv

当它尝试从numpy.linalg导入lapack_lite时。我试图从头开始重建lapack,但它似乎只是制作

/usr/local/lib/libblas.a
/usr/local/lib/liblapack.a
/usr/local/lib/libtmglib.a

和.so文件。 .so.3gf来自哪里,我该如何解决?

4 个答案:

答案 0 :(得分:60)

我遇到了同样的问题,删除libopenblas-base软件包就可以了:

sudo apt-get remove libopenblas-base

正如其他人已经解释的那样,有几个软件包提供了liblapack.so.3gf的不兼容版本。

答案 1 :(得分:9)

根据我看到的一些bug报告,您可能安装了多个BLAS / ATLAS / LAPACK提供程序,如ATLAS和OpenBLAS / GotoBLAS,这些提供程序相互冲突。看看这个:

$ ls -l /etc/alternatives/*.so.3gf

并检查它们是否对应于同一个包(例如,它们都指向/usr/lib/atlas-base/

答案 2 :(得分:4)

如果您安装了 libopenblas-base libatlas3-base ,但未安装 liblapack3 ,则会出现此问题。这些软件包组合安装了 libblas.so (来自OpenBLAS)和 liblapack.so (来自ATLAS)的冲突版本。

解决方案1(我最喜欢的):如果你还安装 liblapack3 ,你可以在你的机器上保留OpenBLAS和ATLAS。

sudo apt-get install liblapack3

解决方案2:卸载ATLAS(这实际上会为你自动安装 liblapack3 ,因为有一些deb软件包恶作剧)

sudo apt-get uninstall libatlas3-base

解决方案3:卸载OpenBLAS

sudo apt-get uninstall libopenblas-base

配置错误

$ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  libatlas3-base                                        3.10.1-4                                            amd64        Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared
ii  libopenblas-base                                      0.2.8-6ubuntu1                                      amd64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 153, in <module>
    from . import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 13, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 18, in <module>
    from .polynomial import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/polynomial.py", line 19, in <module>
    from numpy.linalg import eigvals, lstsq, inv
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/__init__.py", line 50, in <module>
    from .linalg import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 29, in <module>
    from numpy.linalg import lapack_lite, _umath_linalg
ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3: undefined symbol: ATL_chemv

解决方案1 ​​

$ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  libatlas3-base                                        3.10.1-4                                            amd64        Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared
ii  liblapack3                                            3.5.0-2ubuntu1                                      amd64        Library of linear algebra routines 3 - shared version
ii  libopenblas-base                                      0.2.8-6ubuntu1                                      amd64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/lapack/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'

解决方案2

$ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  liblapack3                                            3.5.0-2ubuntu1                                      amd64        Library of linear algebra routines 3 - shared version
ii  libopenblas-base                                      0.2.8-6ubuntu1                                      amd64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/lapack/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'

解决方案3

$ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  libatlas3-base                                        3.10.1-4                                            amd64        Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'

答案 3 :(得分:1)

尝试检查LD_LIBRARY_PATH。您可能会指向该库的另一个版本,该版本不支持numpy调用所需的符号。我的Mac上也有同样的情况。

但请注意,问题可能无法直接显示,因为一个库可以使用LD_LIBRARY_PATH链接到下一个库。

在设置和不设置LD_LIBRARY_PATH的情况下,您可以检查以下命令是否有区别(暂时删除活动shell:取消设置LD_LIBRARY_PATH):

ldd /usr/lib/liblapack.so.3gf

就我而言,ISIS软件系统提供的库与numpy所需的板载库发生了冲突。