我有一个大的numpy数组,我将使用随机生成的值进行线性投影。
>>> input_array.shape
(50, 200000)
>>> random_array = np.random.normal(size=(200000, 300))
>>> output_array = np.dot(input_array, random_array)
不幸的是,random_array
占用了大量内存,我的机器开始交换。在我看来,我实际上并不需要同时使用random_array
全部;从理论上讲,我应该能够在点积计算过程中懒洋洋地生成它...但我无法弄清楚如何。
如何从output_array
减少input_array
计算的内存占用量?
答案 0 :(得分:4)
这显然不是最快的解决方案,但您尝试过:
m, inner = input_array.shape
n = 300
out = np.empty((m, n))
for i in xrange(n):
out[:, i] = np.dot(input_array, np.random.normal(size=inner))
答案 1 :(得分:2)
这可能是使用cython可能会减少内存使用量的情况。您可以动态生成随机数并随时累积结果。我没有时间编写和测试完整的函数,但你肯定想在c级使用randomkit
(numpy在引擎盖下使用的库)。
您可以查看我为其他应用程序编写的一些示例代码,以了解如何包装randomkit:
https://github.com/synapticarbors/pylangevin-integrator/blob/master/cIntegrator.pyx
还要看看下面关于cython的文章中如何实现矩阵乘法:
http://conference.scipy.org/proceedings/SciPy2009/paper_2/full_text.pdf
不要将两个数组作为输入,只需将input_array
作为一个,然后在方法中,随机生成随机数组的小块。
很抱歉,如果它只是草图而不是实际代码,但希望它足以让您入门。