Question

我正在尝试使用不同密度点为视网膜中的密度细胞制作地形图。 volcano3d的例子非常好，它给了我这个想法，所以我想我会根据这个例子来说明我的问题。我的问题是，如果我有一个岛的轮廓，x，y坐标绘制为geom_path，是否可以在路径内构建等高线图？我试着这样做，但是r告诉我问题是我的x和y轴不连续。这是我的数据中给出一个例子的第一点，x和y是坐标，freq应该是z轴。很抱歉没有放入整个数据，但轮廓有超过3000个点，然后我有大约250个样本，所以这是一个很长的数据集。

p <- ggplot(data = contour.xy, aes(x = x, y = y)) + 
  geom_path(data = contour.xy, aes(x = x, y = y)) + 
  geom_path(data = opticnerve.xy, aes(x = x, y = y)) + 
  geom_contour(data = counts, aes(x = "x", y = "y", z = "freq")) + 
  coord_equal()

我尝试放置图像，但我是新用户，因为反垃圾邮件规定我无法附加图片。

我将非常感谢任何帮助或建议

感谢所有人的圣诞快乐

Answer 1

最后，经过一些研究后发现了一个可以帮助我完成我想要的工作的包。这是由阿德里安·巴德利写的spatstat，他非常友好地帮助我完成了剧本的一部分。基本上它的作用是创建一个不规则形状的窗口，在这种情况下我的“岛”，然后我需要分析的所有点都落在窗口内。为了创建窗口，我使用以下代码，使用x vector作为xp，y vector作为yp： map＆lt; - owin（poly = list（x = xp，y = yp））图（图）

然后我可以创建所有点作为点模式（ppp）

非常感谢你的所有帮助，但特别感谢Adrian Baddeley的支持

Answer 2

以下是volcano3d示例（提供可重现的问题;代码来自example(direct.labels)包中的directlabels。

volcano3d <- melt(volcano)
colnames(volcano3d) <- c("x", "y", "z")

您可以绘制数据的等高线图，在本例中是Maunga Whau，如下所示：

(p <- ggplot(volcano3d, aes(x, y, z = z)) + 
  geom_contour()
)

您的示例代码也存在问题，因为aes需要表达式，而不是字符串。所以你应该有

aes(x = x, y = y, z = freq)

或

aes_string(x = "x", y = "y", z = "freq")

通常，您不需要为x和y显式提供参数名称，因此事实上aes(x, y, z = freq)会这样做。

离散对象中的ggplot2 geom_contour

2 个答案: