Question

我是Bioinformatic的人，我使用C＃来完成我的工作。我一直在C＃中使用Processes多次运行可执行程序。这次我有一个新问题。我在Windows中为名为Blast（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download）的程序下载了一个exe文件。如果我输入我的命令：

blastp -query input.txt -db pdbaa -out output.txt

它工作正常。但是当我从记事本中复制粘贴命令时会出错。我搜索了这个问题，发现这是一个“编码问题UTF-8与ISO-latin”（http://biostar.stackexchange.com/questions/7997/an-error-by-using-ncbi-blast-2-2-25-on-windows），这是由复制和粘贴引起的。

现在我想从c＃运行进程来调用exe文件我得到了同样的问题，我想这是因为进程做了像复制和粘贴这样的事情。这是我的代码：

 public void Calculate()
    {
        Process proc = new Process();
        proc.StartInfo.WorkingDirectory = Program.NCBIBlastDirectory;
        proc.StartInfo.FileName = @"C:\Program Files\NCBI\blast-2.2.25+\bin\blastp.exe";
        proc.StartInfo.Arguments = "blastp -query input.txt -db pdbaa -out output.txt";
        proc.StartInfo.UseShellExecute = false;
        proc.StartInfo.RedirectStandardError = true;
        proc.StartInfo.RedirectStandardError = true;
        proc.Start();
        proc.WaitForExit();
        proc.Close();
    }

你知道我怎么能解决这个问题吗？

提前致谢。

Answer 1

我可以看到的一个问题是你设置Arguments的行：

proc.StartInfo.Arguments = "blastp -query input.txt -db pdbaa -out output.txt";

我认为你的意思是：

proc.StartInfo.Arguments = "-query input.txt -db pdbaa -out output.txt";

所以你不需要在Arguments中再次指定可执行文件名 - 这就是FileName的用途。

另一件事是，如果你不使用shell-execute来启动它们，有很多应用程序表现不佳。首先尝试使用shell-execute（显然没有重定向任何std *），如果它以这种方式工作，那么你就会知道问题是什么 - 尽管我担心你无能为力。

另外，为什么是行

proc.StartInfo.RedirectStandardError = true;

重复两次？

使用C＃Process运行可执行程序

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