Question

我有507个表（pattern =“human”）在每个表格中，有许多列我想通过学生的t检验进行比较。在我学习'函数'之前，我在我的data.frame中初始化了16列，并且复制了很多代码，用于16次比较。 :(但我想通过使用函数来简化代码。

问：我是否需要某种计数器或使用'cbind'？或者什么？有什么建议吗？

files_to_test <- list.files(pattern="human")  
num_files <- length(files_to_test)  

## Function: Calculate t-test P-values ##
g<-function(compareA,compareB) {
   for (i in 1:num_files){
      temp <- read.table(files_to_test[i], header=TRUE, sep="\t")
      ## Obtain Columns To Compare ##
      colA <- temp[compareA]
      colB <- temp[compareB]
      ttr <- t.test(colA, colB, var.equal=TRUE)
      tt_pvalues[i,1] <- ttr$p.value
      }
tag <- paste(compareA, compareB, sep="_Vs_")
tt_titles <- data.frame(tag,tt_titles) # Here is my problem.  
ALL_pvalues <- data.frame(tt_pvalues, ALL_pvalues) # Here is my problem.  
}

## Comparison 1
compareA <-"log_b" 
compareB <-"log_b_rich"
g(compareA,compareB)

## Comparison 2
compareA <-"fc_Etoh_CDT_tot_poly"
compareB <-"log_b_rich"
g(compareA,compareB)

我的预期输出应为：

source.file.name, tag[i], tag[j], ...  
files_to_test[1], #, #, ...  
files_to_test[2], #, #, ...

我想要做的是用cbind或data.frame将早期ttest数据附加或折叠我的新列表ttest数据。我不确定。

Answer 1

没有可以使用的数据......有这样的东西吗？

g <- function(compareA, compareB) {
   tt_pvalues <- NULL
   for (i in 1:num_files){
      temp <- read.table(files_to_test[i], header=TRUE, sep="\t")
      colA <- temp[compareA]
      colB <- temp[compareB]
      ttr <- t.test(colA, colB, var.equal=TRUE)
      tt_pvalues[i] <- ttr$p.value 
      }
   out <- data.frame(files = files_to_test, pval = tt_pvalues)
   return(out)
}

Answer 2

我认为你需要在循环中移动标记操作：

# Pre-allocate tag[i] outside the loop
tag <- vector("character", length=num.files)

g<-function(compareA,compareB) {
   for (i in 1:num_files){
      temp <- read.table(files_to_test[i], header=TRUE, sep="\t")
      ## Obtain Columns To Compare ##
      colA <- temp[compareA]
      colB <- temp[compareB]
      ttr <- t.test(colA, colB, var.equal=TRUE)
      tt_pvalues[i,1] <- ttr$p.value
   tag[i] <- paste(compareA, i, "Vs" compareB, i sep="_")
      }

tt_titles <- data.frame(tag, tt_titles) # Here is my problem.  
ALL_pvalues <- data.frame(tt_pvalues, ALL_pvalues) # Here is my problem.  
}

我的函数g（x，y）不保存data.frame中的P值

我的预期输出应为：

2 个答案: