Question

我最近一直在查看R Task Views，并发现一些感兴趣的软件包不包含在任何任务视图中。是否有既定的方法来查找任务视图中列出的软件包的补充？

我意识到通过XML和处理ctv文件（例如http://cran.r-project.org/web/views/Econometrics.ctv），我可以找到<packagelist>节点中列出的所有包的并集，available.packages()可列出所有可供下载的软件包。这是诀窍，还是我错过了使用CRANberries或CRANtastic这样的网站的一些技巧？

更新1（不要这样做 - 请参阅下面的答案）：我忽略了提到CRAN列出了“在视图中：”的包。因此，似乎在幕后，一些信息会将包与其所在的视图进行匹配。可以轻松（并且粗鲁地）刮掉所有CRAN包页面并grep“In views：”。这是我最初的想法，直到我遇到ctv，这更加优雅。

更新2：我忽略了与ctv的关联。如果你进入任务视图，包文档会很有趣。

Answer 1

没有隐藏的技巧，只需重新创建类似CRANberries的东西（通过调用available.packages()并与存储在本地数据库中的状态数据进行比较）。

在您的情况下，您可能希望计算available.packages()获取的内容与ctv包中有关任务视图选项的内容之间的集合差异。

编辑1 您的“更新1”理念很粗糙。太粗糙了。 CRAN的元信息来自于，正确地考虑了元信息：首先是所有包，每个任务视图的添加集，可能在“列出”和“推荐”之间进行分割并汇总。

编辑2 我认为您只需使用ctv中的代码来解析其文件。我们在cran2deb中使用它来定义用于包创建的较小测试集。给定该集合（和其他数据），他们可以生成网页。我想你可能会让事情变得过于复杂。 R使得这成为可能，因为我也非常了解; - ）

Answer 2

我应该更仔细地阅读ctv文档。答案就在那里：有一个名为Views.rds的.rds文件。这是一个循序渐进的方法：

myRepos         <- "http://cran.r-project.org"
tmpfile         <- tempfile()
download.file(paste(myRepos, "src/contrib/Views.rds", sep = "/"), destfile = tmpfile)

myViews         <- .readRDS(tmpfile)
func_listPkgs   <- function(x){return(x$packagelist$name)}
aggRaw          <- lapply(myViews, func_listPkgs)
aggInViews      <- unique(unlist(aggRaw))

availRaw        <- available.packages(contriburl = paste(myRepos, "src/contrib", sep = "/"))
availPkgs       <- rownames(availRaw)
notInViews      <- setdiff(availPkgs, aggInViews)

以下是这样做：

它从CRAN镜像中获取Views.rds文件。
将Views.rds加载到数据框中。注意：在2.13之前，需要使用.readRDS，现在readRDS和2.13。 .readRDS仍有效，但已被弃用。
它获取可用包的列表。这可以更直接：有一个名为Packages.gz的文件可以下载，但我们必须解析它。让我们坚持使用已有的工具。：）
它在两个列表上运行差异。为了好玩，尝试相反的差异：oddPackages <- setdiff(aggInViews, availPkgs)。其中一些是基地R的包。其他是???谁知道呢。

如何列出未包含在任何R任务视图中的软件包？

2 个答案: