Snakemake包装器中（bio）conda版本的最佳做法？

Question

使用conda在Snakemake包装器中指定包装的最佳environment.yml做法是什么？ 我了解这些渠道应该是：

channels:    
  - conda-forge
  - bioconda
  - base

但是，指定软件包的最佳选择是什么？我没有指定版本吗？完整版本？

使用完整版本之前曾导致使用无限/超长conda环境的问题。但是，不固定版本会带来隐式升级到软件包不兼容版本的风险。

我仅指定直接依赖项还是应该将conda env export的输出放在此处，以便冻结所有内容？

Answer 1

对于软件包版本，我通常会选择固定主要版本和次要版本。这样，用户在创建环境时将获得最新的安全补丁和错误修复，而任何东西都不应以向后不兼容的方式进行更改（只要开发人员正确遵循semantic versioning）。

此外，我将仅指定直接依赖项，并让环境求解器处理所有隐式依赖项。这提供了一定的自由度，可以满足不同软件包的不同需求，而通常，软件包的配方应指定对特定版本的任何限制。

避免（未来）冲突并保持环境快速创建的另一种方法是保持环境尽可能的小巧（see Johannes' comment below）。如果不同的规则仅共享一些依赖关系，而不共享其他依赖关系，我宁愿为每个规则创建单独的最小环境，而不是重用更大的环境。 Snakemake包装器仍会执行此操作，因为每个包装器都有自己的环境定义。

As Johannes pointed out，同样适用于频道：仅指定您实际使用的频道，而不再需要指定base频道。并且在使用mamba时，可以将bioconda指定为第一个频道。

讨论mamba：如果速度很重要，我目前会使用mamba来解决环境问题-通常，它比conda快得多，并且可以确保您将获得最新版本的软件包。在snakemake中，您也可以通过--conda-frontend mamba使用它，如Maarten's comment to the question所指出。

但是，当然，一切都取决于。如果您知道软件包的配方未处理的版本不兼容，则可能需要指定和固定隐式依赖项。如果您拥有创建可以随补丁程序版本更改的输出的软件，那么您当然必须固定补丁程序版本。