有什么办法在熊猫数据框中转换smiles .txt文件吗?

时间:2020-10-13 08:50:53

标签: python-3.x pandas dataframe

我有一个文本文件,其格式如下>>

O = C1CCC @ HO1 >> CS(= O(= O)OC [C @ H] 1CCC(= O)O1.Fc1ccc(Nc2ncnc3cc(OCCN4CCNCC4)c(OC4CCCC4)cc23)cc1Cl Fc1cc2c(NC3CCCCCC3)ncnc2cn1 >> Fc1cc2c(Cl)ncnc2cn1.NC1CCCCCC1

Nc1nc2 [nH] c(CCCc3csc(C(= O)O)c3)cc2c(= O)[nH] 1 >> COC(= O)c1cc(CCCc2cc3c(= O)[nH] c(N) nc3 [nH] 2)cs1

我已经尝试过此代码

  import pandas as pd
  df = pd.read_table('retrosynthesis-all1.txt',header=None,sep = ">>")
  df1 = df = pd.read_fwf('retrosynthesis-all1.txt',header=None,sep = ">>")

我指的是这个网站,但不能正常工作

https://www.delftstack.com/howto/python-pandas/how-to-load-data-from-txt-with-pandas/

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