Question

我在Ubuntu 20.04.1 LTS focal上，并且正在使用R。我想在R中安装一个库，以基于Smith-Waterman算法但通过更快的实现来执行局部序列比对。

R库为 ssw ，可在以下位置找到：https://github.com/nanxstats/ssw-r click link to github repo

描述： ssw-r为SSW提供了R接口，它是Smith-Waterman算法的快速实现，用于使用SIMD进行序列比对。 ssw-r当前基于Python包ssw-py

构建

当我尝试按照README.md步骤安装它时，

remotes::install_github("nanxstats/ssw-r")，执行正常
reticulate::use_python("/usr/local/bin/python3")，也可以执行
library("ssw")，甚至可以很好地加载库
"ACGT" %>% align("TTTTACGTCCCCC")，运行示例无法很好地执行以产生此错误：

> "ACGT" %>% align("TTTTACGTCCCCC")
Error: Python module ssw was not found.

Detected Python configuration:

python:         /root/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/bin/python
libpython:      /root/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/lib/libpython3.6m.so
pythonhome:     /root/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate:/root/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate
version:        3.6.11 | packaged by conda-forge | (default, Aug  5 2020, 20:09:42)  [GCC 7.5.0]
numpy:          /root/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/lib/python3.6/site-packages/numpy
numpy_version:  1.19.1

我已通过以下方式安装了ssw-py作为README.md的请求；

$ sudo pip3 install ssw-py
Requirement already satisfied: ssw-py in /usr/local/lib/python3.8/dist-packages (0.2.6)

我不确定依赖项有什么问题。第一次在R中安装ssw时，系统提示我是否要安装miniconda并选择是。我的系统上没有安装anaconda。（在Ubuntu bionic 18.04上，我能够成功安装anaconda，无论我尝试对焦多少次都行不通，例如，安装程序最初将其放在一个小文件中的/ root / anaconda3中）

要使此库ssw正常运行，我需要解决什么问题？

Answer 1

我设法通过在语句library("ssw")之前使用此命令来解决此问题：

Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "/usr/bin/python3")

README.md reticulate::use_python("/usr/local/bin/python3")中规定的语句未连接到python安装，并且该语句在我的系统上有效。这是通过以下方式发现的：

$ which python3
/usr/bin/python3

，然后将此目录用作python连接的系统环境

为什么R库'ssw'不能找到通过pip3安装的python模块，尽管可以满足pip3模块的安装要求？

1 个答案: