Question

我有一组数据，它是肝脏样品中6种不同细胞类型的种群。我想将这组数据与另一组属性进行比较-样本来源患者的遗传特征。因此，例如，基因1会有三种不同的变体，我需要制作一个箱形图，y轴上的细胞数，x轴上的细胞类型，每种细胞类型上都有三个箱形图，每个箱形图一个基因变异。我有一个脚本可以产生这种情况，但是如果我想检查细胞数量与基因2变异的比较情况，我必须重写脚本以将“ gene1”替换为“ gene2”。

我希望脚本自动为所有基因绘制图形，而无需为每个基因重写它。我认为这样做的好方法是先列出基因，然后再进行for循环。 for循环将包含我之前的脚本，该脚本可以工作，并且对于列表中的每个项目，它都会生成一个图形。

以下是当前有效的方法，一次将其设置为一个：

# fetches all data from excel file
Alldata.Table = read_excel("E:/data/datafile.xlsx", sheet = "sheet1")

#selects cell number data, normalizes cell numbers to a reference cell number
celldata.Table.Normalized <- as.data.frame(apply(Alldata.Table[, c(34:39)], 2, function(x) {x/Alldata.Table[,33]}))
colnames(celldata.Table.Normalized) <- colnames(Alldata.Table[, c(34:39)])

celldata.Table.Long <- pivot_longer(cell.Table.Normalized, cols = colnames(celldata.Table.Normalized))


#adds anonymous patient number to cell data, there are 6 cell types so each patient number is repeated 6 times. 
#This information doesn't appear on the graph but I used it to check the data was being moved around correctly 
#and the cell number results match the patient samples as they do in the original table

celldata.Table.Long$patient <- rep(Alldata.Table$`PatientNo`, each = 6)

#adds gene variant information
celldata.Table.Long$Gene1 <- rep(Alldata.Table$`Gene1`, each = 6)


#makes boxplot
q <- ggplot(celldata.Table.Long, aes(x = name, y = value, fill = Gene1)) +
  geom_boxplot()+ 
  xlab("Gene 1 variant")+
  ylab("Relative proportions")+
  theme_bw()

 q  + stat_compare_means(aes(group = Gene1), label.y = .5, label="p.signif")

这是我尝试在列表和for循环中添加基因变异信息的方法：

genelist <- list("Gene1", "Gene2", "Gene3")

for (i in seq_along(genelist)) { 
  celldata.Table.Long$genelist[i] <- rep(alldata.Table$genelist[i], each = 6)
  
q <- ggplot(celldata.Table.Long, aes(x = name, y = value, fill = genelist[i])) +
  geom_boxplot()+ 
  xlab("Gene variant")+
  ylab("Relative proportions")+
  theme_bw()

 q  + stat_compare_means(aes(group = Gene1), label.y = .5, label="p.signif")
}

第一个问题是“ $ Gene1”被识别为基因1的列，即使“ genelist [1]”对应于“ Gene1”，也无法识别“ genelist [1]”。（我收到错误消息“未知或未初始化的列：genelist”）。我找不到解决此问题并使之正常工作的方法。如果可以使用，我将尝试使脚本为每个图生成一个png。

使用清单中的for循环在R中产生多个图

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