Question

我正在使用服务器上的PBS队列。我想自动提交几个工作因此需要用路径替换变量。因为无法获得参数运行脚本与队列一起运行，我想替换通常使用的shell变量使用硬编码参数。

我需要的是：

#! /bin/sh
#PBS -N runme_$file
#PBS -o $file.out
#PBS -e $file..err
#PBS -q batch
#PBS -j oe
#PBS -m abe
#PBS -r n
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=24:00:00

/home/example/proggie script $file $parameter2
echo "DONE"

用'/ tmp / output'替换$ file，因此应将其转换为：

#! /bin/sh
#PBS -N runme_/tmp/output
#PBS -o /tmp/output.out
#PBS -e /tmp/output.err
#PBS -q batch
#PBS -j oe
#PBS -m abe
#PBS -r n
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=24:00:00

/home/example/proggie script /tmp/output $parameter2
/home/example2/proggie2 /tmp/output
echo "DONE"

PBS部分很重要，因为它阻碍了参数的使用。所以我不能只使用$ 1和$ 2并给脚本提供参数它需要通过参数。相反，我必须通过一个更改文件替换命令，然后我可以将它提交给排队系统。我仍然希望能够从命令行使用脚本，用于快速测试。

我已经尝试过使用sed，但是特殊字符的可能性发生在文件中搞砸了一切。必须有更好的方法。

Answer 1

如果您将$ file指定为$ {file}，该怎么办？然后你应该能够使用sed。当你说“特殊字符”时，我假设你指的是其他$符号。至少这是我在你发布的内容中唯一能看到的内容。

Answer 2

使用sed：

sed "s%\$file%$file%" script.in > script.out

使用awk（gawk或GNU Awk）：

awk '{ gsub(/\$file/, file); print }' file="$file" script.in > script.out

在这两个示例中，我假设此编辑上下文在$file中具有正确的文件名值。我还假设您在脚本中没有任何其他变量，例如$file1或$filename;如果你确实有这样的变量，正则表达式必须更复杂。我还假设你在sed示例中没有在文件名中嵌入百分号。

使用awk用路径替换变量的简单脚本

2 个答案: