Question

例如，说我要安装bioconda软件包gapfiller。

conda new -n gapfiller -c bioconda -c conda-forge gapfiller

如果运行上述命令，则会出现以下错误：

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - boost[version='>=1.57.0,<1.57.1.0a0']

Current channels:

  - https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64
  - https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch

在这一点上，下一步应该做什么以确定我需要开始包括哪个渠道？

我尝试查看meta.yml for the package，但这仅列出了gapfiller所依赖的软件包，而不是可以找到它们的渠道。 ve也尝试过conda search boost，但当然只能在我当前的频道中返回（不兼容）结果，它不会告诉我如何查找新频道：

$ conda search boost
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
boost                         1.65.1          py27_4  pkgs/main           
boost                         1.65.1  py27h0eb07c9_3  pkgs/main           
boost                         1.65.1          py35_4  pkgs/main           
boost                         1.65.1  py35heb9229b_3  pkgs/main           
boost                         1.65.1          py36_4  pkgs/main           
boost                         1.65.1  py36hfaba7b9_3  pkgs/main           
boost                         1.67.0          py27_4  pkgs/main           
boost                         1.67.0          py35_4  pkgs/main           
boost                         1.67.0          py36_4  pkgs/main           
boost                         1.67.0          py37_4  pkgs/main           
boost                         1.71.0          py38_0  pkgs/main

如何确定用于解决PackagesNotFoundError的正确渠道？

Answer 1

通常，当涉及旧软件包版本时，它们降级为the free channel which was taken off the defaults metachannel last year。有几种方法可以将其重新添加（例如，配置设置restore_free_channel或环境变量CONDA_RESTORE_FREE_CHANNEL），但是一种简单的 adhoc 解决方案是将其作为一个整体添加的频道：

conda install -c free ...

对于 linux-64 平台上的boost=1.57，我看到

conda search -c free boost=1.57[subdir='linux-64']
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
boost                         1.57.0               0  free                
boost                         1.57.0               1  free                
boost                         1.57.0               4  free

如何确定安装conda软件包所需启用的通道？

1 个答案: