如何在R代码中向条形图添加SE条形？

Question

我是R的新手，并且想在我的条形图中添加标准误差条形。我有以下代码：

p1 <- ggplot(plot1, aes(x=factor(drink_type), y=value, fill = manipulation)) + 
  stat_summary(fun.y="mean", geom="bar", position="dodge") +
  theme_classic() +
 labs(x = 'Drink type', y = 'Evidence accumulation')

p1 + stat_summary(fun.data = mean_cl_normal, geom = "errorbar", width = .08, position = position_dodge(0.9)) 

但是，我不确定这个'geom =“ errorbar”是否会产生标准的误差线（这就是我所追求的）。这是我正在处理的数据。我想知道是否需要创建一个新列（即“值”列的SE）以显示标准误差线？

ppt | manipulation |   drink_type           |  value
1   |       n      |   avg_alcohol_drift    |  1.8854094
1   |       p      |   avg_alcohol_drift    |  1.6257274
1   |       n      |   avg_softdrink_drift  |  1.8519074
1   |       p      |   avg_softdrink_drift  |  1.8477995

任何帮助将不胜感激！

Answer 1

是的，您可以尝试以下类似的操作，其中使用了示例数据集：

ggplot(ToothGrowth,aes(x=factor(dose),y=len,fill=supp)) + 
stat_summary(fun.y=mean,geom="bar",position=position_dodge()) + 
stat_summary(fun.data=mean_se,geom="errorbar",
position=position_dodge(0.9),width=0.2)

我们可以手动计算它：

library(dplyr)
se_data = ToothGrowth %>% 
group_by(dose,supp) %>% 
summarise(mean=mean(len),se=sd(len)/sqrt(n()))

# A tibble: 6 x 4
# Groups:   dose [3]
   dose supp   mean    se
  <dbl> <fct> <dbl> <dbl>
1   0.5 OJ    13.2  1.41 
2   0.5 VC     7.98 0.869
3   1   OJ    22.7  1.24 
4   1   VC    16.8  0.795
5   2   OJ    26.1  0.840
6   2   VC    26.1  1.52 

ggplot(se_data,aes(x=factor(dose),y=mean,fill=supp)) + 
geom_bar(stat="identity",position="dodge") +
geom_errorbar(aes(ymin=mean-se,ymax=mean+se),
position=position_dodge(0.9),width=0.2)