Question

我正在尝试使用perl读取FASTA文件，我想将每个标头作为键并将每个序列作为值放入哈希。我写了代码，但出现错误：没有这样的文件或目录我的fasta文件和perl文件位于同一目录中。

这是我的代码

#!/usr/bin/perl
use strict;

my $file = "chicken.fa";
open (my $READ, "<$file") || die "Cannot open $file: $!.\n";

my %seqs = ();
my $header = '';

while (<$READ>){
    my $line = $_;
    chomp($line);
    if ($line eq "") { next; }
    if ($line =~ /^>.+/){
        $line = $header;
    } else {
        $seqs{"$header"} .= $line;
    }
}
close ($READ);

Answer 1

如果确定确实存在名为chicken.fa的文件，则有几种可能性。

错误的目录。按照编写的脚本，脚本将尝试在运行Perl脚本的目录中找到chicken.fa文件。如果文件实际上位于其他目录中，则找不到该文件。
```
if (! -f 'chicken.fa') {
    warn "'chicken.fa' doesn't exist in this directory!";
}
```

即使您的perl脚本和输入文件位于同一目录中，除非您也从该目录启动perl脚本，否则Perl不会找到您的文件。也就是说，这将起作用

cd /directory/where/the/stuff/is
perl the_script.pl

但这不会

cd /some/other/directory
perl /directory/where/the/stuff/is/the_script.pl

权限。您可能没有打开文件所需的权限，在这种情况下为读取权限。
```
if (! -r 'chicken.fa') {
    warn "Don't have read permission on 'chicken.fa' file!";
}
```
错误的符号链接。也许chicken.fa是到另一个位置的符号链接，而该位置不是有效文件。
```
if (-l 'chicken.fa' && ! -f readlink('chicken.fa')) {
    warn "'chicken.fa' is an invalid symbolic link";
}
```

如何解决错误：没有这样的文件或目录

1 个答案: