Question

目前这是我的python脚本（ TagGen ），它有一个功能：

def SJtag(file,len_tag):

    import csv
    reader = csv.reader(open(file), dialect='excel-tab' )
    for row in reader:
        qstarts = row[1].split(",")[1:-1] 
        n = len_tag/2
        for i in qstarts:  
            name = row[0]

            start = int(i)-n
            if start<0:
                start = 0      

            end = int(i)+n
            if end>len(row[2]):
                end=len(row[2])

            tag = row[2][start:end]    
            print name, i, tag, len(tag)

SJtag("QstartRefseqhg19.head",80)

我想使用bash命令行提供 SJtag 函数的文件和 len_tag 参数，如下所示：

python ./TagGen QstartRefseqhg19.head 80

我该怎么做，或者类似的东西？

感谢您的帮助！

Answer 1

您可以使用argparse module。

来自文档，

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser(description='Process some integers.')
parser.add_argument('integers', metavar='N', type=int, nargs='+',
           help='an integer for the accumulator')
parser.add_argument('--sum', dest='accumulate', action='store_const',
           const=sum, default=max,
           help='sum the integers (default: find the max)')

args = parser.parse_args()
print args.accumulate(args.integers)

如果您使用的是早于2.7的python版本，则应使用optparse模块，以达到类似的效果。

Answer 2

sys.argv是参数列表，第一个元素是脚本名称。这是一个字符串列表，因此，如果任何参数是数字，则必须使用int()或float()进行转换。

所以，如果你这样调用一个脚本：

$ python myscript.py 1 foo bar baz

sys.argv就是这样：

["myscript.py", "1", "foo", "bar", "baz"]

在您的情况下，您可以将脚本设为：

import sys
import csv

def SJtag(file,len_tag):
    reader = csv.reader(open(file), dialect='excel-tab' )
    for row in reader:
        qstarts = row[1].split(",")[1:-1] 
        n = len_tag/2
        for i in qstarts:  
            name = row[0]

            start = int(i)-n
            if start<0:
                start = 0      

            end = int(i)+n
            if end>len(row[2]):
                end=len(row[2])

            tag = row[2][start:end]    
            print name, i, tag, len(tag)

if __name__ == '__main__':
    SJtag(sys.argv[1], int(sys.argv[2]))

Answer 3

我建议使用argparse和一个名为plac的好包装器。在你的情况下，你需要做的就是：

if __name__ == '__main__':
    import plac; plac.call(SJtag)

...而plac将处理所有事情，因为它能够从函数的签名中找出要使用的命令行参数。非常酷，查看文档了解更多（它可以做更多）。

Answer 4

请参阅此内容。

http://www.dalkescientific.com/writings/NBN/python_intro/command_line.html

如何通过命令行为python脚本的函数提供参数？

4 个答案: