Question

我有一个conda环境，使用Cython时会出现错误。我无法在不使错误消失的情况下减少依赖关系列表，所以这里是完整的环境：

# environment.yml
name: test
channels:
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - pip
  - compilers
  - make
  - setuptools
  - cython
  - daetk
  - hdf5 =*=*mpich*
  - h5py =*=*mpich*
  - metis
  - mpich
  - numpy
  - openblas
  - parmetis
  - petsc4py
  - petsc
  - python=3
  - scorec
  - superlu
  - superlu_dist
  - triangle
  - pychrono
  - mpi4py
  - gmsh
  - matplotlib
  - mpi4py
  - nose
  - pytables
  - pytest
  - pytest-cov
  - pytest-xdist
  - scipy
  - tetgen
  - ncurses
  - pychrono
  - python=3
  - future
  - ipyparallel
  - pillow
  - recordtype

使用以下内容创建环境：conda env create -f environment.yml

激活它：conda activate test

创建文件helloworld.pyx：

print("Hello World")

创建一个setup.py：

from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize

setup(
    ext_modules = cythonize("helloworld.pyx")
)

将其cythonize：python setup.py build_ext --inplace

使用python -c "import helloworld"导入时，会出现以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'helloworld'

它创建了一个文件helloworld.cpython-37-x86_64-linux-gnu.so，应该在其中helloworld.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so。的确，如果您重命名它，您可以验证它是否可以正常工作

mv helloworld.cpython-37-x86_64-linux-gnu.so helloworld.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so

在conda环境中，后缀m存在：$CONDA_PREFIX/include/python3.7m。我知道这与Python是否使用pymalloc编译有关，但是我不明白为什么Cython在这种情况下看不到它。

Answer 1

这实际上是由conda-forge中Python 3.7.6的不完整版本引起的。已修复。

Cython无法识别pymalloc Python

1 个答案: