是否可以在blast中使用lc_all = c

时间:2019-12-19 07:38:15

标签: linux terminal blast

我正试图在本地对NR进行爆炸,我正在寻找一种方法来尽可能快地运行它。我从记忆中回忆起,我使用LC_ALL = C fgrep -wf-来从一个文件到另一个文件进行“快速”搜索,因此我想知道是否可以对blast执行类似的操作。

在与fgrep相同的行中,我尝试了blastp -query FILE -db LC_ALL = C /home/Protein_DataBases/nr/nr.fasta -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 25,但是不起作用。 有谁知道我是否可以执行此操作?

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