R ggplot2：使用chisq.test和多个构面的具有显着性水平的箱线图

Question

我正在尝试使用chisq.test绘制两组的显着性水平。

我的数据集如下：

我使用'Marker'，'Case'和'Section'作为ID在两种类型的数据（'Number'和'Theo'）之间执行chisq.test。我测试了每个试验的p值均小于0.05。但是，在图中的结果中，我所有显着性水平均为“ NS”，即使我更改为t检验，其显着性水平也为“ NS”。这是不可能的。

我的代码是：

ggplot(Profile_melt, aes(type, value)) + 
geom_boxplot(aes(fill = factor(type), alpha = 0.5), outlier.shape = NA,show.legend = FALSE) +
geom_jitter(width = 0.2, size = 2, show.legend = FALSE,aes(colour = factor(type)), alpha = 0.5) +
theme_bw() +
geom_signif(comparisons = combn(levels(Profile_melt$type),2, simplify = F)[-4], map_signif_level = TRUE, test = 't.test', textsize = 2) +
#stat_compare_means(method = "chisq.test") +
facet_grid(Case ~ Marker, scales = 'free') +
background_grid(major = 'y', minor = "none") + # add thin horizontal lines 
xlab('x, mm') +
ylab(expression(paste('Density, /', mm^2, )))+
theme(axis.text = element_text(size = 15), axis.title = element_text(size = 20), legend.text = element_text(size = 38), legend.title = element_text(size = 30), 
    strip.background = element_rect(colour="black", fill="grey"),
    strip.text = element_text(margin = margin(10, 10, 10, 10), size = 25)) +
panel_border()

输出图为：

有什么解决办法吗？